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[일반용역](협상/재공고)바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석

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공고 개요

재공고 · 질병관리청 국립보건연구원 · 실험실 분석

추정가격
8,656만원
참가자격 등록 마감
10/19(월) 18:00 · D-6
낙찰방법
협상에의한계약 · 기술 80 : 가격 20
참가 자격
유전자검사기관 · 데이터분석제공사업자
무슨 일
단일세포 전사체 분석
걸리는 것
행정처분 이력

요약 AI 요약

생물안전 3등급(BL3) 바이러스(코로나19, SFTSV 등)에 감염된 뇌·간 등 오가노이드에서 단일세포 전사체 변화와 단백체 변화를 규명하고자 한다. 감염 반응 관련 주요 바이오마커를 동정·규명하는 데 활용할 분석 데이터를 생산하는 사업이다.

핵심요약

걸리는 것
행정처분 이력

행정처분 이력

국가계약법 시행령 제76조 부정당업자 제한, 조세포탈 유죄판결 확정 후 2년 이내 자 참여 불가.

③ 국가를 당사자로하는 계약에 관한 법률」제27조 및 동법 시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 해당되지 않은 업체
② 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제27조의5 및 「같은 법 시행령」 제12조제3항에 따라 ‘조세포탈 등을 한 자’로서 유죄판결이 확정된 날부터 2년이 지나지 아니한 자
업종·면허 조합
여럿 모두

유전자검사기관[업종코드 5331]과 데이터분석제공사업자[업종코드 6539] 두 업종 모두 등록 필요. 코드 밖 자격(법·조례 허가·지정·등록, 업태·종목, 전문매장)은 없음.

  • 코드 밖 자격 · 없음 법·조례가 정한 허가·지정·등록, 사업자등록증 업태·종목, 전문매장 보유 등 코드 밖 자격 요구 없음.
「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 의하여 입찰마감일 전일까지 국가종합전자조달시스템(나라장터(G2B))에 유전자검사기관[업종코드 5331], 데이터분석제공사업자[업종코드 6539]로 입찰참가자격을 모두 등록한자

문서 분석

일의 분량
단일세포 전사체 분석 8건 · 바이러스 특이 probe 제작 1건 · 단백체 분석(Olink) 88건

시료 1건 당 20,000개 세포 target, 세포 당 평균 10,000 read, 샘플 당 60G 이상 데이터. 소요예산 95,216,000원(부가세 포함).

  • 열린 분량 · 정해짐 단일세포 8건, probe 1건, 단백체 88건으로 수량이 정해져 있다.
    ○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex)
    ○ 단백체 분석(Olink)
○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex)
○ 바이러스 특이 probe 제작
○ 단백체 분석(Olink)

문서 분석

가격

추정가격
86,560,000원
배정예산
95,216,000원
예정가격 방식
비예가

참가 자격 · 제한

업종제한
유전자검사기관(5331) 그리고 데이터분석제공사업자(6539)
문서: 업종·면허 조합 · 여럿 모두
지역제한
제한 없음
문서: 지역 조건 · 없음
실적경쟁 · PQ
해당 없음
문서: 실적 · 없음
제출 방법
전자입찰
문서: 입찰 전 절차 · 따로 없음(나라장터만)
공동수급
공동수급불허
문서: 공동수급 · 막음
입찰참가 제한
없음
국제입찰
국내입찰

입찰 일정

진행일시남은 날
공고 게시10/08(목)지남
입찰서 제출 시작10/09(금) 10:00지남
입찰참가자격 등록 마감10/19(월) 18:00D-6
입찰서 제출 마감10/20(화) 10:00D-7
개찰10/20(화) 11:00D-7

평가 · 배점

기술 : 가격 — 기술 80점 · 가격 20점

협상 대상 기준 · 제안서 평가결과, 기술능력 평가 점수가 기술능력평가분야 배점한도(80점)의 85% 이상인 업체를 협상대상자로 선정

배점표 (AI 요약)
평가 항목배점
투입인력의 전문성20점
추진 일정의 적합성10점
용역 수행 조직ㆍ전략의 체계성20점
사업의 이해도20점
사업 수행을 위한 플랫폼확보 여부(오가노이드 유전체정보 생산을 위한 실험경험 및 환경 보유)10점
제안가격(계약예규 '협상에 의한 계약체결기준[별표]'에 따른 제안가격 평가)20점
합계(항목을 더한 값)100점

사업 내용 · 이 공고에 든 일

중심 · 단일세포 전사체 분석

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료의 해리·QC·라이브러리 제작·시퀀싱·기본 분석을 수행하는 실험실 분석 용역이다.

중심 · 단백체 분석

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

88건 시료의 단백질 추출·QC와 Olink PEA 기반 단백체 발현 분석 및 통계·시각화 결과를 생산하는 실험실 분석 용역이다.

걸리는 것 · 입찰 전 할 일

걸리는 조건

행정처분 이력

국가계약법 시행령 제76조 부정당업자 제한, 조세포탈 유죄판결 확정 후 2년 이내 자 참여 불가.

③ 국가를 당사자로하는 계약에 관한 법률」제27조 및 동법 시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 해당되지 않은 업체
② 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제27조의5 및 「같은 법 시행령」 제12조제3항에 따라 ‘조세포탈 등을 한 자’로서 유죄판결이 확정된 날부터 2년이 지나지 아니한 자

더 확인할 것

회사 규모·신분

소기업·소상공인만

소기업·소상공인 대상 재공고 유찰 건으로 중·소기업 또는 소상공인 확인서 소지자 참여 가능. 비영리법인 참여 가능.

해당 공고는 소기업.소상공인 대상으로의 재공고 유찰된 건으로「판로지원법 시행령」제2조의2제1항1호나목에 의해「중소기업 기본법」제2조에 따른 중·소기업 또는「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」제2조에 따른 소상공인으로서「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 ‘중·소기업·소상공인 확인서’를 소지한 자가 참여 가능

대학·연구소 참가

그렇다

비영리법인 참여 가능.

-「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령」제2조의3(중소기업자와의 우선조달계약에 대한 예외)에 의거 본 사업에 비영리법인 참여 가능

하도급

막음

입찰공고서에 「공동계약 및 구성방식: 하도급 불가 / 공동수급 불가」, 제안요청서에 「공동수급 및 하도급 불가」로 적었다.

자. 공동계약 및 구성방식: 하도급 불가 / 공동수급 불가
○ 공동수급 및 하도급 불가

근무 장소

현장과 우리 쪽에 나눠

수행기관이 발주부서를 직접 방문해 시료를 수거·운송하고 잔여 시료를 반납하며, 해리·라이브러리 제작·시퀀싱·분석은 수행기관에서 함. 원격 접속 관련 문장 없음.

* 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수
- 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납

일하는 주기

한 번·정해진 횟수

단일세포 8건, 단백체 88건의 시료를 분석해 결과물을 제출하는 연구용역으로, 계약기간 내에 정해진 건수를 수행하고 끝남.

○ BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료에서 dissociation과 Cell QC 과정을 수행 후, cDNA library 제작을 통해 8개의 단일세포 전사체 분석을 진행하여 Raw data 및 기초 통계 분석 후 다양한 시각화 결과 생산하여 제공함.
○ PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 88건의 시료에 대한 단백질 추출과 QC 후, 단백체 발현 분석을 진행하여 다양한 기능적 및 시각화 결과 제공함.

여러 해 계약

단년 한 번

계약일부터 2026.12.11.까지 단일 기간으로 계약한다.

나. 사업기간: 계약일 ~2026.12.11.

여러 과제로 나뉨

나뉘지 않음

단일 입찰건으로, 과제·권역·입찰번호로 나뉜 표기가 없음.

총액·단가 방식

단가×수량

산출내역서가 단가(원)×수량(건) 구조로 되어 있다(단일세포 8건, probe 1건, 단백체 88건).

○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex) | | × | 8(건) | = | |
○ 단백체 분석(Olink)
- Tartget 96 pannel | | × | 88(건) | = | |

큰 배점 항목

수행능력의 적정성(투입인력의 전문성) 20점, 용역 수행 조직·전략의 체계성 20점, 사업의 이해도 20점

기술능력평가 80점 중 세 항목이 각 20점으로 최대. 추진 일정의 적합성 10점, 플랫폼확보 여부 10점, 입찰가격 20점.

o 투입인력의 전문성 | 20 | 비계량
o 용역 수행 조직ㆍ전략의 체계성 | 20 | 비계량
o 사업의 이해도 | 20 | 비계량

평가 자리 발표

발표(대면·화상)

제안서 평가는 대면평가 원칙이나 서면평가로 변경 가능하며 별도 통보 예정. 발표 시간·장소·참석 인원 규정 없음. 빠지면에 대한 규정 없음.

제안서 평가는 대면평가 원칙이나 서면평가로 변경 가능하며, 입찰참가자에게 별도 통보 예정이오니 평가 관련 사항은 반드시 발주부서에 문의하시기 바랍니다.

무상·저가 추가 일

의무 · 계약 뒤 지킬 일

검사결과 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시

5) 검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시

보관 조건

의무 · 계약 뒤 지킬 일

BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 시료로 시료 안정성 유지·손상 최소화를 위해 수행기관이 발주부서 직접 방문 수거·운송, 분석 후 잔여 시료 반납

* 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수
- 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납

공고 정보

공고종류
재공고 (재입찰공고)
게시일
10/08(목)
공고번호
R26BK01762808-000
참조번호
국립보건연구원 공고 제2026-517호
공고기관
질병관리청 국립보건연구원
수요기관
질병관리청 국립보건연구원
계약방법
제한경쟁
낙찰방법
협상에의한계약
계약유형
총액계약
예정가격 방식
비예가
추정가격
86,560,000원
배정예산
95,216,000원
공공조달분류
연구조사서비스 › 학술연구서비스 › 보건복지연구조사서비스
사전규격번호
R26BD00267029
재공고
재공고
출처
나라장터

문서 분석 전체

이 분야에서 갈리는 것 · 이 일에 맞는 지정·등록과 숙련도 적합·CAP 같은 외부 인정을 갖췄나, 특정 병원체 이력·상급종합병원 거래 같은 좁은 실적 벽이 있나, IRB·IND 승인을 마친 과제여야 하나, 건수와 현장 채혈·매일 수거 같은 손이 감당되나에서 갈린다.

질문 91개 · 꼭 5 · 좋음 18 · 안 봐도 됨 68

주제 · 참가 자격 10개

업종·면허 조합

여럿 모두

유전자검사기관[업종코드 5331]과 데이터분석제공사업자[업종코드 6539] 두 업종 모두 등록 필요. 코드 밖 자격(법·조례 허가·지정·등록, 업태·종목, 전문매장)은 없음.

「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 의하여 입찰마감일 전일까지 국가종합전자조달시스템(나라장터(G2B))에 유전자검사기관[업종코드 5331], 데이터분석제공사업자[업종코드 6539]로 입찰참가자격을 모두 등록한자

면허 세부 범위

없음

면허·등록 안의 세부 범위(주력분야·종별 등)를 요구하는 문장 없음.

지역 조건

없음

본점 지역 제한 외 지역 조건 없음.

실적

없음

참가 자격으로 실적을 요구하지 않음. 다만 과업수행 시 요구사항에 「동일(유사) 과업 수행 이력을 보유한 기업 참여 필요」라는 문구가 있음.

데이터 생산에 대한 툴 직접 개발 등 과업 관련 발생가능한 문제 해결을 위한 자체 전문기술 보유 및 동일(유사) 과업 수행 이력을 보유한 기업 참여 필요

업력

없음

업력 요구 없음.

공동수급

막음

공고문에 공동수급 불가로 명시. 제안요청서에도 공동수급 및 하도급 불가.

자. 공동계약 및 구성방식: 하도급 불가 / 공동수급 불가
○ 공동수급 및 하도급 불가

회사 규모·신분

소기업·소상공인만

소기업·소상공인 대상 재공고 유찰 건으로 중·소기업 또는 소상공인 확인서 소지자 참여 가능. 비영리법인 참여 가능.

해당 공고는 소기업.소상공인 대상으로의 재공고 유찰된 건으로「판로지원법 시행령」제2조의2제1항1호나목에 의해「중소기업 기본법」제2조에 따른 중·소기업 또는「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」제2조에 따른 소상공인으로서「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 ‘중·소기업·소상공인 확인서’를 소지한 자가 참여 가능

대학·연구소 참가

그렇다

비영리법인 참여 가능.

-「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령」제2조의3(중소기업자와의 우선조달계약에 대한 예외)에 의거 본 사업에 비영리법인 참여 가능

사업 성격

아니다(적지 않음)

소프트웨어사업·국가연구개발사업·학술연구용역으로 스스로 분류한 문장 없음.

행정처분 이력

벽 · 못 맞추면 탈락

국가계약법 시행령 제76조 부정당업자 제한, 조세포탈 유죄판결 확정 후 2년 이내 자 참여 불가.

③ 국가를 당사자로하는 계약에 관한 법률」제27조 및 동법 시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 해당되지 않은 업체
② 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제27조의5 및 「같은 법 시행령」 제12조제3항에 따라 ‘조세포탈 등을 한 자’로서 유죄판결이 확정된 날부터 2년이 지나지 아니한 자

주제 · 인증·보유 요건·직접 수행 7개

안전보건수준평가

없음

안전보건수준평가 대상 사업이라는 문장이 문서에 없다.

제조사 확약서

없음

제조사·공식 공급원에게서 받아 오는 확약서·증명서·정품보증서·수입신고필증 요구가 문서에 없다.

제품 인증

없음

납품 제품·자재의 인증·허가·시험성적서 요구가 문서에 없다.

장비·시설 보유

감점 · 점수에 반영

평가표에 「사업 수행을 위한 플랫폼확보 여부 - 오가노이드 유전체정보 생산을 위한 실험경험 및 환경 보유」 10점 배점이 있다. 임차 인정 여부는 문서에 없다.

o 사업 수행을 위한 플랫폼확보 여부
- 오가노이드 유전체정보 생산을 위한 실험경험 및 환경 보유

하도급

막음

입찰공고서에 「공동계약 및 구성방식: 하도급 불가 / 공동수급 불가」, 제안요청서에 「공동수급 및 하도급 불가」로 적었다.

자. 공동계약 및 구성방식: 하도급 불가 / 공동수급 불가
○ 공동수급 및 하도급 불가

직접 생산

없음

직접생산확인·제조 등록·OEM 금지·한 제조사 제품 요구가 문서에 없다.

품질 인증

없음

회사·제조사의 품질·환경·안전·정보보호 인증이나 업무 절차서를 참가 조건·점수로 요구한 문장이 문서에 없다.

주제 · 결과물·검수·보고 10개

지정 제품·공법

지정 — 동등 이상 허용

단일세포 분석에 10x Genomics 사의 FLES APEX 기반 gene expression probe set, 단백체 분석에 Olink target 96 플랫폼, Illumina NovaSeq X, Agilent High Sensitivity D1000 ScreenTape System 등 특정 제조사·플랫폼을 지정했으나, 동등 이상 허용 문구는 문서에 없다.

10x Genomics 사의 FLES APEX 기반 gene expression probe set과 제작한 바이러스 특이 custom probe를 적용하여 cDNA 라이브러리 제작 및 단일세포 시퀀싱
PEA와 NGS 기반 분석을 활용하여 단백질 데이터를 분석하는 방법인 Olink 플랫폼을 이용하기 위해 선별된 시료는 Olink target 96 시약으로 라이브러리 제작
선별된 라이브러리는 Illumina NovaSeq X로 시퀀싱하며 결과는 Normalized Protein Expression(NXP) 값으로 출력

검수

발주처 검수만

결과보고 및 사업평가를 발주부서(국립보건연구원)가 수행하며, 외부 기관 심의·승인·검사·감리·성과심사 통과 조건은 없다.

결과보고 및 사업평가: 계약 종료일로부터 14일 이내

합격선

숫자 기준 있음

시료 1건 당 20,000개 세포 target, 세포 당 평균 10,000 read, 샘플 당 60G 이상 데이터, Quality Score 30 기준 최소 80% 이상 충족, 재검사 총 3회 이내 등 수치 합격선이 있다.

시료 1건 당 20,000개의 세포를 target으로 하고, 세포 당 평균 10,000 read 수준으로 시퀀싱하여 샘플 당 60G 이상의 데이터 생산
Quality Score 30 기준 최소 80% 이상 충족하며, 각 해독 데이터 생산조건 미달성 시 추가 샘플링 또는 라이브러리 재 구축 진행
검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시

성과 목표

목표 없음

달성해야 할 숫자 성과 목표나 미달 시 불이익 조항은 문서에 없다.

시험·검사

우리 부담(대가 안)

시료 QC, 라이브러리 QC, 실험 품질 모니터링 등 품질 시험·검사를 수행기관이 수행하며, 비용은 산출내역서의 서비스 비용에 포함된 것으로 보인다.

수행기관에서 확립한 조건으로 총 8건의 시료에 대한 해리 과정을 진행 후, 바이러스 불활성화 성분이 일정농도 이상 포함된 불활화 용액으로 고정한 단일세포 현탁액에 대해 품질평가(QC) 실시
제작된 라이브러리는 High Sensitivity D1000 ScreenTape assay and reagents를 사용하여 aglient High Sensitivity D1000 ScreenTape System을 통해 품질(QC) 확인
실험 품질(QC)는 Internal Control(Incubation, Extension, Ampilification)과 External Control(Sample, Plate, Negative Control)을 통해 모니터링하며, MPX Map 소프트웨어를 통해 데이터 분석

원자료

나눠짐

BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 시료, 비감염 오가노이드, 단백체 분석용 시료(오가노이드 세포, 상등액 등)는 발주부서가 제공하고, 수행기관이 발주부서를 직접 방문하여 수거·운송한다.

적정 buffer, 세포 농도, 응집 여부 및 시료 상태 등 최적 조건을 확보하기 위한 사전 실험 용도의 비감염 오가노이드는 발주부서에서 제공하며, 수행기관에서 직접 해리 조건 확립
모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수
M-PERTM Mammalian protein extraction reagent(thermo scientific)를 발주부서에 제공, 발주부서에서 제공하는 소량의 시료(오가노이드 세포, 상등액 등) 약 88건으로부터 단백질 추출

시안 승인

-

시안·샘플·제작도·중간검수 승인 횟수는 문서에 명시되지 않았다.

인허가·검사

절차 없음

이 용역에 필요한 인허가·신고·심의·인증·법정 검사 절차는 문서에 없다.

보고 주기

1월

과제진행상황(접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 월 1회 발주부서 담당자에게 통보한다.

용역수행기관 담당자는 발주부서의 별도 요청이 없어도 과제진행상황 (접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 현행화하여 월 1회 발주부서 담당자에게 통보

넘길 산출물

원자료·해석 입력 자료

시퀀싱 원시 데이터(raw data), 유전자 발현 행렬 및 품질 필터링이 적용된 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출한다.

시퀀싱 원시 데이터(raw data), 유전자 발현 행렬 및 품질 필터링이 적용된 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출
원시 데이터(raw data) 및 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출

주제 · 인력·수행 방식 8개

인력 자격

감점 · 점수에 반영

평가표에 '투입인력의 전문성' 20점(비계량) 항목이 있고, 제안요청서는 제안서에 명시된 참여 인력을 투입하라고 함. 별도 자격·학위·경력 기준은 없음.

o 투입인력의 전문성
2) 제안서 평가에서 선정된 업체는 제안서에 명시된 참여 인력을 투입하여 본 연구를 성실히 수행하여야 함

근무 장소

현장과 우리 쪽에 나눠

수행기관이 발주부서를 직접 방문해 시료를 수거·운송하고 잔여 시료를 반납하며, 해리·라이브러리 제작·시퀀싱·분석은 수행기관에서 함. 원격 접속 관련 문장 없음.

* 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수
- 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납

소속 직원

없음

투입 인력이 수행기관 소속 직원이어야 한다는 요구나 재직기간·고용형태 조건, 프리랜서·외부전문가 관련 문장이 없음.

고용승계

없음

고용승계 관련 문장이 문서에 없음.

근무 시간

근무 요일·시간·교대 형태에 대한 규정이 없다. 용역수행기관 담당자는 발주부서 별도 요청이 없어도 과제진행상황을 월 1회 발주부서 담당자에게 통보한다.

4) 용역수행기관 담당자는 발주부서의 별도 요청이 없어도 과제진행상황 (접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 현행화하여 월 1회 발주부서 담당자에게 통보

보안 조치

의무 · 계약 뒤 지킬 일

비밀유지·보안 의무 준수 및 발주부서 요청 시 보안서약서 작성, 제공 자료의 과업 외 목적 사용 금지, 정보·자료 대외 유출 금지. 평가표에 보안 항목 없음.

- 분석 내용 및 결과에 대해서는 비밀유지 및 보안 의무를 준수하여야 하고, 발주부서에서 요청 시 보안서약서를 작성할 것
3) 분석시료(오가노이드 등)는 용역수행기관에서 발주부서로 직접 방문하여 수령하고, 제공된 물질 및 참고자료 등은 본 과업 목적 이외의 용도로 사용을 금지함
- 본 사업수행과 관련하여 취득한 각종 정보나 자료들은 국립보건연구원의 사전 동의 없이는 대외 유출을 금지함

신원 조건

없음

투입 인력에 대한 범죄경력·신원조회·운전적격·건강검진 요구가 문서에 없음.

일하는 주기

한 번·정해진 횟수

단일세포 8건, 단백체 88건의 시료를 분석해 결과물을 제출하는 연구용역으로, 계약기간 내에 정해진 건수를 수행하고 끝남.

○ BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료에서 dissociation과 Cell QC 과정을 수행 후, cDNA library 제작을 통해 8개의 단일세포 전사체 분석을 진행하여 Raw data 및 기초 통계 분석 후 다양한 시각화 결과 생산하여 제공함.
○ PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 88건의 시료에 대한 단백질 추출과 QC 후, 단백체 발현 분석을 진행하여 다양한 기능적 및 시각화 결과 제공함.

주제 · 과업 범위·규모·기간 11개

다른 업 섞임

섞이지 않음

단일세포 전사체 분석과 단백체 분석 두 덩어리 모두 같은 업(유전자검사기관·데이터분석제공사업자)으로 등록해야 하는 본업이고, 다른 면허·공종·품목의 일은 없다. 공동수급 및 하도급 불가로 적혀 있다.

○ 공동수급 및 하도급 불가
자. 공동계약 및 구성방식: 하도급 불가 / 공동수급 불가

하는 일

BL3 등급 바이러스 감염 또는 비감염 오가노이드 시료를 발주부서에서 직접 수거·운송하여 단일세포 해리·QC·cDNA 라이브러리 제작·시퀀싱(8건)과 바이러스 특이 custom probe 제작, PEA 기반 Olink target 96 플랫폼으로 88건 시료의 단백질 추출·QC·단백체 발현 분석을 수행하고 raw data·분석 데이터·최종 결과보고서를 제출한다.

단일세포 8건, 단백체 88건, 바이러스 특이 probe 1건

○ BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료에서 dissociation과 Cell QC 과정을 수행 후, cDNA library 제작을 통해 8개의 단일세포 전사체 분석을 진행하여 Raw data 및 기초 통계 분석 후 다양한 시각화 결과 생산하여 제공함.
○ PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 88건의 시료에 대한 단백질 추출과 QC 후, 단백체 발현 분석을 진행하여 다양한 기능적 및 시각화 결과 제공함.

기존 시스템과 이어짐

기존 제조사 제품에 묶임

10x Genomics 사의 FLES APEX 기반 gene expression probe set, cell ranger, Olink target 96 플랫폼, Illumina NovaSeq X 등 특정 제조사 제품·플랫폼을 지정하고 있다. 기존 시스템과의 연동이나 연속 사업은 아니다.

- 10x Genomics 사의 FLES APEX 기반 gene expression probe set과 제작한 바이러스 특이 custom probe를 적용하여 cDNA 라이브러리 제작 및 단일세포 시퀀싱
- PEA와 NGS 기반 분석을 활용하여 단백질 데이터를 분석하는 방법인 Olink 플랫폼을 이용하기 위해 선별된 시료는 Olink target 96 시약으로 라이브러리 제작

일의 분량

단일세포 전사체 분석 8건 · 바이러스 특이 probe 제작 1건 · 단백체 분석(Olink) 88건

시료 1건 당 20,000개 세포 target, 세포 당 평균 10,000 read, 샘플 당 60G 이상 데이터. 소요예산 95,216,000원(부가세 포함).

○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex)
○ 바이러스 특이 probe 제작
○ 단백체 분석(Olink)

수행 기간

-

계약일부터 2026.12.11.까지. 결과보고 및 사업평가는 계약 종료일로부터 14일 이내.

나. 사업기간: 계약일 ~2026.12.11.
가. 용역 수행: 계약 체결일로부터 ~2026. 12. 11.

여러 해 계약

단년 한 번

계약일부터 2026.12.11.까지 단일 기간으로 계약한다.

나. 사업기간: 계약일 ~2026.12.11.

최소 투입 인원

해당 없음

최소 투입 인원이나 공수(MD)가 정해져 있지 않다.

다른 일정에 묶임

아니다

다른 공사·사업 일정에 묶였다는 문구가 없다.

부가 작업

과제진행상황(접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 월 1회 발주부서 담당자에게 통보, 검사결과 판별이 어려울 경우 재검사 1회·재검체 검사 1회(총 3회 이내) 실시, 분석에 사용하고 남은 잔여 시료를 발주부서에 직접 방문하여 반납, 과업종료 후 3개월까지 분석방법 변경 요청 시 지원.

시료 수거·운송도 수행기관이 발주부서를 직접 방문하여 수행.

4) 용역수행기관 담당자는 발주부서의 별도 요청이 없어도 과제진행상황 (접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 현행화하여 월 1회 발주부서 담당자에게 통보
5) 검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시

교육·기술이전

해당 없음

발주처 직원·사용자 교육, 시연, 매뉴얼, 기술이전 횟수에 대한 규정이 없다.

일의 형태

조사·측정 · 계획·연구·자문

시료를 직접 해리·QC·시퀀싱하여 데이터를 생산하고(조사·측정), 생산된 데이터를 분석·해석하여 결과보고서를 제출한다(계획·연구·자문).

○ BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료에서 dissociation과 Cell QC 과정을 수행 후, cDNA library 제작을 통해 8개의 단일세포 전사체 분석을 진행하여 Raw data 및 기초 통계 분석 후 다양한 시각화 결과 생산하여 제공함.
- Custom detection probe를 이용하여 확보된 검출 결과를 단일세포 전사체 프로파일링 데이터와 연계하여 세포 유형별 전사 반응 특성 분석 및 해석방법 지원

주제 · 입찰 절차·보증 7개

참가 범위

공개 경쟁

제한경쟁입찰(협상에 의한 계약)로, 중소·소상공인 확인서와 나라장터 업종 등록 등 조건을 갖춘 자면 참여 가능. 공고 전 명단·협약으로 묶지 않음.

계약방법: 제한경쟁입찰(협상에의한계약)
해당 공고는 소기업.소상공인 대상으로의 재공고 유찰된 건으로「판로지원법 시행령」제2조의2제1항1호나목에 의해「중소기업 기본법」제2조에 따른 중·소기업 또는「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」제2조에 따른 소상공인으로서「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 ‘중·소기업·소상공인 확인서’를 소지한 자가 참여 가능

여러 과제로 나뉨

나뉘지 않음

단일 입찰건으로, 과제·권역·입찰번호로 나뉜 표기가 없음.

입찰 전 절차

따로 없음(나라장터만)

입찰서·제안서 모두 나라장터 온라인 제출. 별도 사전 참가신청·방문 제출 없음.

입찰서는 나라장터에 의해 전자적으로 제출하여야 하며, 입찰서와 제안서 중 어느 하나라도 미 제출시에는 입찰무효 처리됩니다.
제안서는 국가종합전자조달시스템(나라장터)을 통해 온라인으로 제출하여야 합니다.

현장설명회

없음

현장설명회·현장답사 일정이나 참석 확인 요구가 문서에 없음.

공채·채권

모름 · 문서로 확인 안 됨

공채·채권 매입 비율을 이 계약에 맞춰 정한 조항이 없음.

입찰보증금

면제·지급각서로 갈음

입찰보증금 납부는 면제하되 지급각서 제출. 다만 신용정보 관리규약상 채무불이행자·부정당업자 등 일부는 입찰금액의 5~25% 실제 납부. 계약보증금은 용역계약 일반조건 적용, 하자보수보증금은 용역 계약금액의 100분의 2(조달청 내자업무처리규정).

6-2. 납부면제 : 위 사항을 제외하고 본 입찰에서는 입찰보증금의 납부는 면제하되, 입찰보증금 지급각서를 제출하여야 합니다. (공고문 하단 서식 활용 제출)
입찰보증금 : 입찰보증금 지급각서 1부

문서끼리 다른 곳

아니다

입찰공고서와 제안요청서가 상이할 경우 입찰공고서를 우선한다는 정형 조항만 있고, 실제 어긋난 값은 없음.

본 입찰공고서와 제안요청서의 내용이 상이할 경우, 본 입찰공고서를 우선하여 적용합니다.

주제 · 현장 작업·유지보수 9개

출동 시한

없음

고장·장애·긴급 호출에 따른 현장 착수·도착 시한이나 야간·휴일 대응 요구가 문서에 없다. 시료 수거를 위해 수행기관이 발주부서를 직접 방문하는 조건만 있다.

처리 시한

모름 · 문서로 확인 안 됨

요청·장애 처리 시한이 문서에 없다. 다만 과업종료 후 3개월까지 분석방법 변경 요청 지원, 월 1회 진행상황 통보, 재검사 총 3회 이내 실시 조건이 있다.

부품·소모품

해당 없음

이 공고는 분석 용역으로 유지보수 계약이 아니다.

현장·납품지

1곳

시료 수거·반납을 위해 수행기관이 발주부서(국립보건연구원)를 직접 방문한다.

모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수

현장 여건

BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 시료를 다루므로 해리 선행 후 불활화 과정이 필요하고, 시료는 수행기관이 발주부서를 직접 방문해 수거·운송한다.

부대공사·현장 준비 요구는 없다.

BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 특성 상, 분석 시료 외부 반출 시 dissociation(해리) 선행 후 불활화 과정 필요

작업 시기

해당 없음

일할 수 있는 때를 묶는 제약이 문서에 없다.

경비 부담

나눠짐

M-PERTM Mammalian protein extraction reagent(thermo scientific)는 수행기관이 발주부서에 제공하고, 비감염 오가노이드는 발주부서가 제공한다. 그 밖의 분석 장비·시약·소모품은 수행기관 부담으로 본다.

M-PERTM Mammalian protein extraction reagent(thermo scientific)를 발주부서에 제공, 발주부서에서 제공하는 소량의 시료(오가노이드 세포, 상등액 등) 약 88건으로부터 단백질 추출

폐기물 처리 몫

해당 없음

분석 용역으로 폐기물·부산물 처리가 계약에 들어 있지 않다.

하자보수

해당 없음

결과물·납품물의 무상 하자보증·교환 기간이 문서에 없다.

주제 · 가격·대금·계약 조건 11개

대금 방식

발주처가 대금 지급

질병관리청 국립보건연구원이 소요예산 95,216,000원(부가세포함)을 지급하는 일반용역이다. 이용자·수혜자가 비용을 대는 수익형 요소는 없다.

소요예산: 95,216,000원(부가세포함)
사업금액 : 금 95,216,000원(부가가치세 포함)

총액·단가 방식

단가×수량

산출내역서가 단가(원)×수량(건) 구조로 되어 있다(단일세포 8건, probe 1건, 단백체 88건).

○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex) | | × | 8(건) | = | |
○ 단백체 분석(Olink)
- Tartget 96 pannel | | × | 88(건) | = | |

물량 변동

일부 미정

단일세포 8건, 단백체 88건 등 물량은 정해졌으나 8건 시료의 세부 그룹군은 논의 후 결정, Olink 패널은 발주부서와 논의 후 결정, 실제 샘플 수량에 따른 plate batch도 논의 후 진행으로 일부가 계약 뒤 정해진다.

8건 시료에 대한 세부 그룹군은 최적의 오가노이드 상태 유지를 위한 분화 일정 및 우선순위에 따라 논의 후 결정
패널은 시료 그룹 및 분석 목적에 따라 inflammation, immune surveilance, immune response 등 발주부서와 논의 후 결정
실제 샘플 수량에 따른 plate batch는 발주부서와 논의 후 진행

발주처 단가 기준

적혀 있지 않음

발주처가 정한 단가·품셈·요율·상한가가 공고에 적혀 있지 않다. 산출내역서의 단가 칸은 비어 있다.

계약 상대

공고 낸 기관 직접

공고기관·수요기관 모두 질병관리청 국립보건연구원이며, 다른 계약·대금 상대를 적지 않았다.

그대로 넘길 돈

아니다

계약금액 안에 다른 곳에 넘기거나 정해진 곳에 그대로 써야 하는 돈이 있다고 적지 않았다.

견적 근거

물량·목록만 공개

산출내역서(공내역)에 항목·수량(8건, 1건, 88건)만 있고 단가 칸은 비어 있다.

○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex) | | × | 8(건) | = | |

대금 받는 때

끝난 뒤 한 번에

결과보고 및 사업평가가 계약 종료일로부터 14일 이내로 정해져 있고, 별도의 지급 방식 조항은 없다.

결과보고 및 사업평가: 계약 종료일로부터 14일 이내

보험 가입

없음

이 일 때문에 들어야 하는 보험·공제를 정한 문장이 없다.

계약 변동 가능

아니다

예산 확정 전·보조사업자 계약 등으로 계약이 안 되거나 금액·물량·기간이 바뀔 수 있다고 적은 문장이 없다.

부가세 과세

과세

산출내역서에 부가세 10%가 별도 항목으로 잡혀 있고, 사업금액이 부가가치세 포함으로 표기되어 있다.

○ 부가세 10% | | x | 10% | = | |
사업금액 : 금 95,216,000원(부가가치세 포함)

뽑는 방식 · 입찰 방식 10개

회사 속성 우대

없음

회사 속성 우대(가점·신용평가 특례·실적 특례) 조항이 문서에 없음. 평가표는 수행능력·일정·이해도·플랫폼·가격뿐.

신용등급·경영상태

없음

신용평가등급·기술신용평가·경영상태를 참가 조건이나 점수로 보는 조항 없음. 입찰참가자격은 업종등록·중소기업 확인서·부정당업자 여부뿐.

보유 인력

없음

보유 인력 수·등급을 참가 조건이나 점수로 보는 규정 없음. 평가표의 '투입인력의 전문성'은 투입 인력 항목.

전담 인력

의무 · 계약 뒤 지킬 일

제안서 평가에서 선정된 업체는 제안서에 명시된 참여 인력을 투입하여 수행하여야 함. 겸직·참여율 상한 규정은 없음.

제안서 평가에서 선정된 업체는 제안서에 명시된 참여 인력을 투입하여 본 연구를 성실히 수행하여야 함

큰 배점 항목

수행능력의 적정성(투입인력의 전문성) 20점, 용역 수행 조직·전략의 체계성 20점, 사업의 이해도 20점

기술능력평가 80점 중 세 항목이 각 20점으로 최대. 추진 일정의 적합성 10점, 플랫폼확보 여부 10점, 입찰가격 20점.

o 투입인력의 전문성 | 20 | 비계량
o 용역 수행 조직ㆍ전략의 체계성 | 20 | 비계량
o 사업의 이해도 | 20 | 비계량

가점

없음

특허·신기술·수상·우수업체 선정·기술개발 투자·신규 고용 가점 조항 없음.

샘플·시안 선제출

없음

입찰·제안 단계에서 시안·샘플·견본·시연·성능시험을 요구하는 규정 없음. 제안서는 온라인 서면 제출.

무상 추가 제공

의무 · 계약 뒤 지킬 일

분석결과 최종보고서 데이터에 대한 분석·도식화 자료를 발주부서가 분석방법 변경 요청 시 과업종료 후 3개월까지 지원할 것. 점수 배점은 없음.

분석결과 최종보고서에 제출한 데이터에 대한 분석 및 도식화 자료는 성과활용 목적에 따라, 발주부서에서 분석방법을 변경하여 요청할 경우 과업종료 후 3개월까지 지원할 것

평가 자리 발표

발표(대면·화상)

제안서 평가는 대면평가 원칙이나 서면평가로 변경 가능하며 별도 통보 예정. 발표 시간·장소·참석 인원 규정 없음. 빠지면에 대한 규정 없음.

제안서 평가는 대면평가 원칙이나 서면평가로 변경 가능하며, 입찰참가자에게 별도 통보 예정이오니 평가 관련 사항은 반드시 발주부서에 문의하시기 바랍니다.

차등점수제

아니다

차등점수제 적용 문구 없음.

카테고리 · 시험·분석·측정 8개

시험기관 인정

없음

입찰참가자격은 유전자검사기관[5331]·데이터분석제공사업자[6539] 등록, 중소기업·소상공인 확인서 등이며 KOLAS 인정·정도관리 검증서·인증기관 인정 요구는 없음

측정·분석 대상

그 밖

BL3 등급 바이러스(코로나19, SFTSV 등) 감염 뇌·간 등 오가노이드의 단일세포 전사체(8건)와 오가노이드 세포·상등액 등 시료 88건의 단백체(Olink target 96) 분석

BL3 등급의 바이러스가 감염된 3차원 조직 유사체인 오가노이드 등에서 단백질 발현 변화를 정량적으로 평가하고, 감염 반응 관련 주요 바이오마커의 동정 및 역할을 규명하는데 활용하고자 함.
○ PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 88건의 시료에 대한 단백질 추출과 QC 후, 단백체 발현 분석을 진행하여 다양한 기능적 및 시각화 결과 제공함.

무상·저가 추가 일

의무 · 계약 뒤 지킬 일

검사결과 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시

5) 검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시

채취 전 조건

지점·범위·일정 사전 협의·승인

과업 수행에 필요한 전반적인 추진 상황은 발주부서와 사전 논의하여 진행, 시료 수거·운송은 수행기관이 발주부서 직접 방문

1) 과업 수행에 필요한 전반적인 추진 상황은 발주부서와 사전 논의하여 진행하며, 수행 과정 중에 과업 관련 경미한 변경 필요 또는 문제 발생 시 즉시 긴밀하게 협의하여 추진하여야 함
* 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수

분석 품질 보증

정도관리(QA/QC) 계획 제출·내부정도관리

시료 QC, 라이브러리 QC, Internal/External Control을 통한 실험 품질 모니터링, Flagged·Detectability of Protein·%CV·Missing sample 등 Olink target 96 필수 품질 기준 확인

- 수행기관에서 확립한 조건으로 총 8건의 시료에 대한 해리 과정을 진행 후, 바이러스 불활성화 성분이 일정농도 이상 포함된 불활화 용액으로 고정한 단일세포 현탁액에 대해 품질평가(QC) 실시
- 실험 품질(QC)는 Internal Control(Incubation, Extension, Ampilification)과 External Control(Sample, Plate, Negative Control)을 통해 모니터링하며, MPX Map 소프트웨어를 통해 데이터 분석
- Flagged, Detectability of Protein, %CV(Intra & Inter), Missing sample 확인 등 Olink target 96에서 필수적인 품질 기준 확인

일의 법적 성격

법정 틀 없이 발주처가 스스로 사는 일

오가노이드를 활용한 감염병 동물대체시험법 모델 구축을 위한 연구용역으로 법정 의무·절차 대비가 아님

○ 오가노이드를 활용한 감염병 동물대체시험법 모델 구축을 위해 생물안전 3등급(BL3) 바이러스(코로나19, SFTSV 등)가 감염된 뇌, 간 등 다양한 오가노이드에서의 단일세포 전사체 변화 및 단백체 변화를 규명하고자 함.

보관 조건

의무 · 계약 뒤 지킬 일

BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 시료로 시료 안정성 유지·손상 최소화를 위해 수행기관이 발주부서 직접 방문 수거·운송, 분석 후 잔여 시료 반납

* 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수
- 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납

연구 윤리 승인

없음

사람·인체유래물·실험동물을 다루는 연구로 입찰 전 IRB·IND·IACUC 승인을 마친 과제여야 참가할 수 있다는 요구 없음

문서 발췌

과업·요구

=== 제안요청서_단일세포 및 단백체 분석_최종.hwpx === (제안요청서)

바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석

2026. 8. 국립보건연구원 신종바이러스매개체연구과

1. 사업개요

가. 사업명: 바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석 나. 사업기간: 계약일 ~2026.12.11. 다. 계약방법: 제한경쟁입찰(협상에의한계약) 라. 소요예산: 95,216,000원(부가세포함)

2. 추진계획

가. 배경 및 필요성 ○ 오가노이드를 활용한 감염병 동물대체시험법 모델 구축을 위해 생물안전 3등급(BL3) 바이러스(코로나19, SFTSV 등)가 감염된 뇌, 간 등 다양한 오가노이드에서의 단일세포 전사체 변화 및 단백체 변화를 규명하고자 함. ○ BL3 등급의 바이러스가 감염된 3차원 조직 유사체인 오가노이드 등에서 단백질 발현 변화를 정량적으로 평가하고, 감염 반응 관련 주요 바이오마커의 동정 및 역할을 규명하는데 활용하고자 함. 나. 주요 사업 내용 ○ BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료에서 dissociation과 Cell QC 과정을 수행 후, cDNA library 제작을 통해 8개의 단일세포 전사체 분석을 진행하여 Raw data 및 기초 통계 분석 후 다양한 시각화 결과 생산하여 제공함. ○ PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 88건의 시료에 대한 단백질 추출과 QC 후, 단백체 발현 분석을 진행하여 다양한 기능적 및 시각화 결과 제공함.

3. 과업내용

가. 단일세포 분석 ❍ 발주부서 제공 BL3 등급 바이러스 감염 또는 비감염 오가노이드를 이용한 단일세포 cDNA 합성 및 라이브러리 제작을 통한 데이터 생산 - 발주부서에서 의뢰 예정인 뇌, 간 등 오가노이드 종류에 맞는 해리 프로토콜을 발주부서에 제공 * BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 특성 상, 분석 시료 외부 반출 시 dissociation(해리) 선행 후 불활화 과정 필요 * 적정 buffer, 세포 농도, 응집 여부 및 시료 상태 등 최적 조건을 확보하기 위한 사전 실험 용도의 비감염 오가노이드는 발주부서에서 제공하며, 수행기관에서 직접 해리 조건 확립 * 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수 - 수행기관에서 확립한 조건으로 총 8건의 시료에 대한 해리 과정을 진행 후, 바이러스 불활성화 성분이 일정농도 이상 포함된 불활화 용액으로 고정한 단일세포 현탁액에 대해 품질평가(QC) 실시 * 8건 시료에 대한 세부 그룹군은 최적의 오가노이드 상태 유지를 위한 분화 일정 및 우선순위에 따라 논의 후 결정 - 바이러스 감염세포 종류를 단일세포 수준에서 식별 및 검증하기 위하여 바이러스 특이 RNA/transcript 검출용 custom detection probe 설계 및 제작 * 각 바이러스 당 최소 2개 이상의 target 유전자 선별, 각 target 유전자 당 2~3개의 probe set 제작 - 10x Genomics 사의 FLES APEX 기반 gene expression probe set과 제작한 바이러스 특이 custom probe를 적용하여 cDNA 라이브러리 제작 및 단일세포 시퀀싱 - 시료 1건 당 20,000개의 세포를 target으로 하고, 세포 당 평균 10,000 read 수준으로 시퀀싱하여 샘플 당 60G 이상의 데이터 생산 - Quality Score 30 기준 최소 80% 이상 충족하며, 각 해독 데이터 생산조건 미달성 시 추가 샘플링 또는 라이브러리 재 구축 진행 - 생산된 sequencing data에 대해 10x Genomics에서 지원하는 cell ranger를 이용하여 기본 품질평가 및 단일세포 RNA-seq 기본 분석 수행 - 각 시료별 sequencing raw data는 FASTQ 형식 및 cell ranger web summary HTML 파일을 함께 제공하며, 해당 요약 파일에는 분석에 사용된 세포수, 세포당 read 수, 세포당 검출 유전자 수, sequencing qulity 등 주요 QC 지표 포함

- Custom detection probe를 이용하여 확보된 검출 결과를 단일세포 전사체 프로파일링 데이터와 연계하여 세포 유형별 전사 반응 특성 분석 및 해석방법 지원 - 시퀀싱 원시 데이터(raw data), 유전자 발현 행렬 및 품질 필터링이 적용된 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출 - 본 데이터를 이용한 성과 활용을 위하여 각 단계별 상세 프로토콜(국문 또는 영문 material & methods, analysis 등) 및 결과가 포함된 최종 결과보고서 제출 - 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납 * 기타 예외 및 과업 진행에 따른 문제 등 관련 사항은 발주부서와 협의 후 결정 나. 단백체 분석 ❍ Proximity Extension Assay(PEA) 기법과 Next Generation Sequencing(NGS)를 이용한 단백체 데이터 생산 - M-PERTM Mammalian protein extraction reagent(thermo scientific)를 발주부서에 제공, 발주부서에서 제공하는 소량의 시료(오가노이드 세포, 상등액 등) 약 88건으로부터 단백질 추출 * 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주 부서로 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수 - BCA protein assay kit(Piercetm)를 사용하여 synergy HTX microplate reader(BioTeK) 장비로 추출된 단백질 농도 측정 - PEA와 NGS 기반 분석을 활용하여 단백질 데이터를 분석하는 방법인 Olink 플랫폼을 이용하기 위해 선별된 시료는 Olink target 96 시약으로 라이브러리 제작 * 패널은 시료 그룹 및 분석 목적에 따라 inflammation, immune surveilance, immune response 등 발주부서와 논의 후 결정 - 제작된 라이브러리는 High Sensitivity D1000 ScreenTape assay and reagents를 사용하여 aglient High Sensitivity D1000 ScreenTape System을 통해 품질(QC) 확인 - 선별된 라이브러리는 Illumina NovaSeq X로 시퀀싱하며 결과는 Normalized Protein Expression(NXP) 값으로 출력 - 실험 품질(QC)는 Internal Control(Incubation, Extension, Ampilification)과 External Control(Sample, Plate, Negative Control)을 통해 모니터링하며, MPX Map 소프트웨어를 통해 데이터 분석

- 시퀀싱 이후 생성되는 raw data 파일을 NPX Map 소프트웨어 또는 Olink MAP 소프트웨어를 이용하여 count로부터 변환된 NPX 값 추출 - Randomizing이 잘 된 여러 plate가 하나의 프로젝트인 경우에는 intensity normalizaion을 진행하고, 하나의 plate를 사용하는 경우 plate control normalizaion 진행 * 실제 샘플 수량에 따른 plate batch는 발주부서와 논의 후 진행 - 여러 plate를 사용하거나 수행 시기 등의 차이가 있어 batch effect가 우려될 경우 16개 정도 bridge sample을 사용하여 bridge normalization을 시도 - Flagged, Detectability of Protein, %CV(Intra & Inter), Missing sample 확인 등 Olink target 96에서 필수적인 품질 기준 확인 - Signal deviation plot, Z-score box plot, HeatMap, MDS plot, Differentially Expressed Protein Analysis of Olink(T-test, ANOVA 등), Gene-Enrichment and Functional Annotation 등 다각도 분석 수행 및 결과 값 제공 - 원시 데이터(raw data) 및 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출 - 본 데이터를 이용한 성과 활용을 위하여 각 단계별 상세 프로토콜(국문 또는 영문 material & methods, analysis 등) 및 결과가 포함된 최종 결과보고서 제출 - 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납 * 기타 예외 및 과업 진행에 따른 문제 등 관련 사항은 발주부서와 협의 후 결정

구 분담당 업무 및 기능
국립보건연구원
신종바이러스연구센터
신종바이러스매개체연구과		• 사업 총괄 기획 운영
- 사업 내용 제시, 진도 관리, 결과 검토
- 분석에 필요한 BL3 등급 감염 오가노이드 시료 제공
용역수행기관1. 단일세포(8건)
• 오가노이드 종류(발주부서 제공)에 맞는 dissociation 조건 제공 및 세포 품질 확인(QC)
- 마트리젤 유무, 세포수, 바이러스 불활화 조건 등을 고려하여 최적의 해리 조건 제공 필수
• Flex Apex을 이용한 probe 기반 방법으로 단일세포 cDNA 합성 및 라이브러리 제작을 통한 데이터 생산
- 바이러스 특이 검출을 위한 custom probe 제작
2. 단백체(88건)
• 발주부서 제공 시료에서 단백질 추출 및 QC
• PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 단백체 발현 분석
• Raw data 기초 통계 분석 및 타겟 단백질의 발현값과 그룹간 차등 발현 단백질(DEP) 비교 분석
• 기능적 분석 및 시각화 결과 제공
• 과업 단계별 진행 및 결과 논의
3. 최종 결과보고서 및 산물(raw data, 잔여 시료 등) 제출
내용(2026) 계약시점기준
내용1개월2개월3개월
○ 시료 제작 및 수거
- 단일세포: 불활화 및 dissociation
- 단백체: 단백질 추출 및 농도 측정
○ 시료 QC 및 라이브러리 제작
○ 시퀀싱 및 데이터 생산
○ 데이터 분석 및 결과제출

5. 과업수행 시 요구사항

가. 사업 수행 1) 과업 수행에 필요한 전반적인 추진 상황은 발주부서와 사전 논의하여 진행하며, 수행 과정 중에 과업 관련 경미한 변경 필요 또는 문제 발생 시 즉시 긴밀하게 협의하여 추진하여야 함 2) 제안서 평가에서 선정된 업체는 제안서에 명시된 참여 인력을 투입하여 본 연구를 성실히 수행하여야 함 3) 분석시료(오가노이드 등)는 용역수행기관에서 발주부서로 직접 방문하여 수령하고, 제공된 물질 및 참고자료 등은 본 과업 목적 이외의 용도로 사용을 금지함 4) 용역수행기관 담당자는 발주부서의 별도 요청이 없어도 과제진행상황 (접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 현행화하여 월 1회 발주부서 담당자에게 통보 5) 검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시 6) 사업 추진 중 특별한 사유를 제외하고 수행기관이 발주부서의 요청에 응하지 않는 경우, 발주기관은 사업의 계약을 해지할 수 있음 7) 본 용역 수행으로 발생하는 지적재산권에 대해서는 발주부서와 계약상대자가 공동으로 소유하며, 계약목적물의 특수성을 고려하여 계약당사자 간 협의를 통해 진행 8) 과제 참여 수행기관(연구진)에 대한 발주부서 요구사항으로는 아래와 같음 : 데이터 생산에 대한 툴 직접 개발 등 과업 관련 발생가능한 문제 해결을 위한 자체 전문기술 보유 및 동일(유사) 과업 수행 이력을 보유한 기업 참여 필요 - 시료의 상태, 해리 효율, 품질 관리(QC) 미충족, 일정 변경 등 문제 발생 시, 수행기관은 즉시 발주부서와 협의하여 대응 방안을 확정 한 후 진행 할 것 - 바이러스 감염여부까지 확인 할 수 있는 FLEX probe 디자인 설계를 하고 단일세포 분석 등에 적용 가능 할 것 - 분석 내용 및 결과에 대해서는 비밀유지 및 보안 의무를 준수하여야 하고, 발주부서에서 요청 시 보안서약서를 작성할 것 - 분석 데이터 결과 확인 후 데이터에 문제가 있을 경우, 용역수행기관은 원인을 파악하고 재실험 필요 여부 등 발주부서와 협의하여 고품질 데이터를 확보할 것 - 품명이나 품명별 수량은 예산 총액 범위 내에서 변동될 수 있으며, 추가 수량 발생시 계약 단가를 기준으로 용역비 한도 내에서 협의하에 내용 추가 또는 변경 논의 후 추진할 것 - 분석결과 최종보고서에 제출한 데이터에 대한 분석 및 도식화 자료는 성과활용 목적에 따라, 발주부서에서 분석방법을 변경하여 요청할 경우 과업종료 후 3개월까지 지원할 것

참가자격

6. 추진일정

가. 용역 수행: 계약 체결일로부터 ~2026. 12. 11. 나. 결과보고 및 사업평가: 계약 종료일로부터 14일 이내

7. 제안 안내 사항

가. 사업자선정 1) 선정방법 ○ 제한경쟁입찰(협상에 의한 계약) - 객관적이고 공정한 제안서 평가 절차를 통해 사업수행을 위한 적격업체선정 2) 입찰참가 자격요건 ○ 본 제안 과업의 수행이 가능한 업체로 아래 요건을 모두 갖춘 사업자 ○「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 반드시 입찰(개찰)일 전일까지 나라장터에 유전자검사기관[업종코드 5331], 데이터분석제공사업자[업종코드 6539]로 입찰참가 등록한 자 ○ 중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 제33조제1항에 의거 중소기업자로 간주되는 특별법인과 동법 시행령 제2조의3 제2호에 해당하는 비영리법인은 입찰참가가 가능함 ○ 입찰참가 대상자는 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중·소기업자 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서, 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 중·소기업(소상공인) 확인서를 소지한 업체일 것. 해당 확인서는 입찰서 제출 마감일까지 유효하여야 함. ○ 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제 12조(경쟁입찰의 참가 자격)에 해당하고, 동법시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 저촉되지 않은 경쟁입찰 참가조건을 구비한 자 ○ 공동수급 및 하도급 불가

배점·평가

3) 계약조건 ○ 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제43조에 의한 『협상에 의한 계약체결』 4) 낙찰자 선정절차 ○ 입찰공고 → 제안서 접수 → 제안서평가 → 협상적격자 선정 → 가격평가 → 협상우선자 선정 →협상에 의한 사업자 선정 및 계약체결 ○ 제출서류를 받아 가격 및 기술평가를 실시하고 종합점수 상위 업체부터 순차적으로 협상하여 가장 유리하다고 인정되는 자를 사업자로 선정 5) 기술평가 기준 및 배점 ○ 평가주체 : 신종바이러스·매개체연구과(서면평가) ○ 제안서 평가는 기획재정부 계약예규 ‘협상에 의한 계약체결기준’에 의거, 기술평가와 가격평가로 구분하여 종합평가하되 평가비중은 기술평가 80%, 가격평가 20%로 선정 - 제안서 평가결과, 기술능력 평가 점수가 기술능력평가분야 배점한도(80점)의 85% 이상인 업체를 협상대상자로 선정 ○ 기술평가는 관련 분야 전문가로 평가위원회를 구성하여 평가기준에 따라 부문별 배정을 부여하여 평가. ○ 평가는 제안서 평가위원별로 평가기준에 의하여 평가표를 작성. ○ 상기 기준을 적용함을 원칙으로 하되 평가위원회에서 부득이 조정이 필요하다고 인정할 경우 평가위원 과반수 찬성에 의하여 조정 가능하도록 함.

<평가항목 및 배점>
평 가 항 목평 가 요 소배점비고
기술능력평가1. 수행능력의 적정성o 투입인력의 전문성20비계량
2. 추진 일정 및 체계의 적정성o 추진 일정의 적합성10
o 용역 수행 조직ㆍ전략의 체계성20
o 사업의 이해도
o 사업 수행을 위한 플랫폼확보 여부
- 오가노이드 유전체정보 생산을 위한 실험경험 및 환경 보유		10
입찰가격 평가3. 제안가격o 계약예규 “협상에 의한 계약체결기준[별표]”에 따른 제안가격 평가20
총 계100

참가자격

① 경쟁입찰 참가자격을 갖추고, 조달청 입찰참가자격 등록증을 소지한 사업자 ②「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 의하여 입찰마감일 전일까지 국가종합전자조달시스템(나라장터(G2B))에 유전자검사기관[업종코드 5331], 데이터분석제공사업자[업종코드 6539]로 입찰참가자격을 모두 등록한자 ③ 국가를 당사자로하는 계약에 관한 법률」제27조 및 동법 시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 해당되지 않은 업체 나. 해당 공고는 소기업.소상공인 대상으로의 재공고 유찰된 건으로「판로지원법 시행령」제2조의2제1항1호나목에 의해「중소기업 기본법」제2조에 따른 중·소기업 또는「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」제2조에 따른 소상공인으로서「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 ‘중·소기업·소상공인 확인서’를 소지한 자가 참여 가능 ※ <중·소기업·소상공인확인서>가 ‘중소기업제품 공공구매 종합정보망(http://www.smpp.go.kr)’에서 확인이 안 될 경우 입찰 참가자격이 없습니다. - 단, <중·소기업·소상공인확인서>는 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 것으로 유효기간 내에 있어야 합니다. - 다만, <중·소기업·소상공인확인서>를 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 업체는 입찰참가가 가능하나, 제안서 제출일로부터 5일 이내에 중소기업공공구매 종합정보망에서 확인이 되지 않거나 입찰참가자격상 기업구분이 다른 경우에는 참가자격이 없습니다. -「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령」제2조의3(중소기업자와의 우선조달계약에 대한 예외)에 의거 본 사업에 비영리법인 참여 가능

과업·요구

1. 연구용 재료비 및 서비스 비용단가(원)수량금액(원)
○ 단일세포 전사체 분석(10X Genomics Flex)×8(건)=
- 라이브러리 제작
- RNA-seq 데이터 생산(Illumina NovaSeq)
- Data analysis
○ 바이러스 특이 probe 제작×1(건)=
○ 단백체 분석(Olink)
- Tartget 96 pannel		×88(건)=
2. 부가가치세
○ 부가세 10%x10%=
3. 합계
○ 서비스 비용 + 부가가치세		+=