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CSF 기반 연수막 전이 환자 단일세포 전사체 분석을 통한 바이오마커 탐색

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공고 개요

국립암센터 · 실험실 분석

낙찰업체
결과 미등록 · 낙찰 결과가 아직 안 올라왔어요
낙찰금액
-
낙찰하한율
86.245% · 기초금액 1.87억원
참가
2곳 · 개찰 09/18(금)

요약 AI 요약

연수막 전이 환자의 뇌척수액 내 세포 구성과 전사체 특성을 단일세포 수준에서 분석하여, 진단 및 예후 예측에 활용할 바이오마커 후보를 발굴하기 위함입니다.

사업 내용 · 이 공고에 든 일

중심 · CSF 단일세포 전사체 데이터 생산·기본 분석

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

LM 환자 CSF 시료에서 세포·acellular CSF 분리, EV 특성 분석, 단일세포 라이브러리 제작·시퀀싱, QC 보고서 작성까지 실험실 분석 업무를 수행하는 용역이다.

평가 · 배점

협상 대상 기준 · 종합평점이 85점 이상인 자를 낙찰자로 결정하며

배점표 (AI 요약)
평가 항목배점
조달청 일반용역 적격심사 세부기준 [별표1] 학술연구용역 적격심사 기준(추정가격 5억원 미만)100점
합계(항목을 더한 값)100점

참가 자격 · 제한

업종제한
유전자검사기관(5331)
지역제한
제한 없음
공동수급
공동수급불허
입찰참가 제한
없음
실적경쟁 · PQ
해당 없음
국제입찰
국내입찰
제출 방법
전자입찰

입찰 일정

진행일시남은 날
공고 게시09/10(목)지남
입찰서 제출 시작09/10(목) 10:00지남
입찰참가자격 등록 마감09/17(목) 18:00지남
입찰서 제출 마감09/18(금) 10:00지남
개찰09/18(금) 11:00지남

가격

추정가격
173,400,000원
배정예산
190,740,000원
기초금액
186,925,200원 (예비가격 -2% ~ +2%)
낙찰하한율
86.245%
예정가격 방식
복수예가

공고 정보

공고종류
등록공고 (일반공고)
게시일
09/10(목)
공고번호
R26BK01722404-000
참조번호
국립암센터 입찰공고 제2026-209호
공고기관
국립암센터
수요기관
국립암센터
계약방법
제한경쟁
낙찰방법
적격심사제
계약유형
총액계약
예정가격 방식
복수예가
추정가격
173,400,000원
배정예산
190,740,000원
공공조달분류
연구조사서비스 › 학술연구서비스 › 과학기술연구조사서비스
사전규격번호
R26BD00270944
재공고
아니오
출처
나라장터

문서 발췌

가. 사업명 : CSF 기반 연수막 전이 환자 단일세포 전사체 분석을 통한 바이오마커 탐색 나. 사업예산 : 190,740,000원(부가세포함) 다. 계약기간 : 계약체결일로부터 30일 이내 라. 입찰방법 : 제한경쟁 / 적격심사제 / 총액입찰 마. 과업내역 1) LM 환자 시료를 이용한 총 34개 검체의 single-cell RNA-seq 데이터 생산 및 기본 분석 - 수집된 LM 환자의 CSF 샘플로부터 세포 및 acellular CSF 분리 - Cellular fraction으로부터 세포 회수, 단일세포 현탁액 준비 및 sample QC 수행 - Acellular CSF에서 세포 외 소포체 분리 및 특성 분석 - Acellular CSF에서 cytokine array를 위한 샘플 분리 및 뱅킹 - BD Rhapsody library 제작 및 시퀀싱 2) Sample QC, library QC 보고서, 데이터 QC 결과가 포함된 용역 종결보고서 작성 및 제출 바. 세부내용 : 과업지시서 참조 2. 입찰·개찰의 일시 및 장소 가. 입찰 1) 제출 시작일시 : 2026.09.10.(목) 2) 제출 마감일시 : 2026.09.18.(금) 10:00 3) 제출 장소 : 국가종합전자조달시스템(나라장터) 4) 제출 방법 : 총액입찰(부가가치세 포함) * 본 입찰은 전자입찰로만 진행하며, 입찰서는 제출 기간 중 24시간 제출이 가능함 (제출 확인은 국가종합전자조달시스템 웹 송신함에서 확인 가능) * 전자입찰 입찰자 신원확인제도가 적용되므로 개인인증서를 보유한 대표자(또는 사전에 등록된 입찰대리인)만이 입찰서 제출이 가능함 * 본 입찰은 총액입찰이므로 부가가치세 및 제세비용과 운반비 등 납품, 설치에 따른 모든 비용을 포함한 총액으로 투찰하여야 함 * 입찰자가 면세사업자인 경우 입찰금액은 반드시 부가가치세를 포함하여 투찰하여야 함 * 낙찰자가 면세사업자인 경우 낙찰금액에서 부가가치세 상당액을 차감한 금액을 계약금액으로 함

3) 또한 환자군 간 임상 정보와 연계 가능한 경우, 진단 상태, 치료 반응, 예후 또는 질환 진행 양상과 관련된 후보 유전자 및 세포군을 탐색하여 향후 검증 연구 및 임상 적용 가능성을 평가할 수 있는 기초 자료를 확보하고자 함 4. 사업 내용 1) 사업 예산 : 190,740,000원 (부가세 포함) 2) 계약 기간 : 계약일로부터 30일 이내 3) 사업수행체계

구 분담당 업무 및 기능
국립암센터
(발주기관)		○ 사업 총괄기획 및 운영
- 분석 시료 제공
- 분석 서비스 진도 및 총괄 관리
분석서비스 수행기관○ LM 환자 시료를 이용한 총 34개 검체의 single-cell RNA-seq 데이터 생산 및 기본 분석
- 수집된 LM 환자의 CSF 샘플로부터 세포 및 acellular CSF
분리
- Cellular fraction으로부터 세포 회수, 단일세포 현탁액 준비
및 sample QC 수행
- Acellular CSF에서 세포 외 소포체 분리 및 특성 분석
- Acellular CSF에서 cytokine array를 위한 샘플 분리 및 뱅킹
- BD Rhapsody library 제작 및 시퀀싱
○ Sample QC, library QC 보고서, 데이터 QC 결과가 포함된 용역 종결보고서 작성 및 제출

5. 용역 업무 범위 1) 발주기관은 사전 협의된 조건에 따라 분석 시료를 준비하여 제공함 • 발주부서에서 제공하는 검체는 분석 시료 종류 및 수량 상호 협의 후 변경 가능함 2) 수행기관은 발주기관이 제공한 분석 시료(LM 환자 유래 CSF 시료)를 운반함 • 픽업 당일 single-cell RNA-seq 전처리(해리 및 QC 등)가 착수되어야 함 3) 수행기관은 CSF에서 세포외소포체 및 세포 분리 진행 • 수행기관의 프로토콜에 따라 CSF에서 세포 및 acellular CSF를 분리함 • 분리된 acellular CSF는 cytokine array와 세포외소포체(EV) 성분 분석을 위해 소분하여 동결 보관함 • 분리된 acellular CSF 상층액을 대상으로 density gradient ultracentrifugation을 이용하여 EV를 분리하고, 분리된 EV의 입자 수 및 순도 분석 결과를 제공함 • EV는 RNase 처리 후 RNA extraction 및 QC를 진행하여 EV 입자수와 RNA 양에 대한 상관성 자료 제출이 필요함 • CSF 1ml당 세포외소포체 농도와 scRNA-seq data에서 tumor cell proportion의 상관관계 분석 데이터를 제공해야 함 4) 수행기관은 단일 세포 QC를 수행함. • Automatic cell counter 및 형광 dye를 이용하여 세포수(cell number) 및 생존율(viability)를 확인함 • 라이브러리 제작에 부적합할 경우 RBC lysis, dead cell removal, filtration 등의 절차를 수행할 수 있어야 하며, cell number, viability, purity(이물/잔존 debris 수준), concentration 등 라이브러리 제작 적합성 판단 근거 제시해야 함 • viability 권고 기준 ≥ 70% (수행기관 표준 SOP에 따름) • 세포 농도 및 회수율 측정 (Countess/Flow 등)

5) 수행기관은 BD Rhapsody 를 이용하여 샘플당 최대 50,000개 수준의 세포를 목표로 캡처하고 GEM generation 및 라이브러리 제작을 수행함 6) 수행기관은 라이브러리 QC를 수행함 • Bioanalyzer/TapeStation profile, Qubit 정량, qPCR 정량(수행기관 표준 SOP) 7) 수행기관은 Illumina사 NovaSeq X 시퀀서를 이용하여 raw data(FASTQ)를 생산하고 data QC를 수행함 • Sequencing quality Q30(phred score) 기준 80% 이상 충족해야 함 8) 수행기관은 발주기관이 요구한 세포 1개당 최소 2만 개 이상의 read를 생산함 • 생산 조건 미달 시, 수행기관은 추가 시퀀싱(데이터 생산)을 진행함 9) 수행기관은 BD Rhapsody™ Sequence Analysis Pipeline 를 통해 raw data를 1차 처리하고, Seven Bridges(QC 요약), count matrix 및 기본 분석 결과를 제공함. 추가적인 심화 downstream 분석 항목은 발주기관과 별도 협의할 수 있음 6. 결과 제출 및 양식 1) 최종 보고서는 용역 마감일 이전에 제출하되, 생산된 데이터는 발주기관과 용역수행기관 간 협의하여 수행기간 중에도 요청하여 수령할 수 있음 (결과 형태는 사전에 발주부서와 협의)

2) 용역 완료 후 모든 raw data (FASTQ, BAM)와 최종결과보고서는 외장하드 또는 FTP link로 제출해야 함 3) 세포(또는 필요 시 핵)에 대한 count 및 viability QC 보고 4) 분리 및 보관한 단일세포 또는 핵은 발주처와 협의한 방식으로 제공 또는 반납 7. 필수 사항 1) 「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 반드시 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 국가종합전자조달시스템(나라장터)에 입찰참가 자격을 등록한 업체 2) 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제12조 및 「동법 시행규칙」 제14조 규정에 따라 입찰 참가자격을 갖추고 입찰공고문, 과업지시서, 계약특수조건 및 일반조건 등의 내용을 수락한 자 3) 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제27조 및 동법 시행령 제76조의 규정에 의하여 입찰참가 자격제한을 받지 않은 자 4) 입찰공고일 기준 「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 유전자검사기관(업종코드 : 5331)으로 신고를 필한 업체일 것 5) 입찰참가 대상자는 「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제2조에 따른 중소기업자 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서, 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 중소기업·소상공인 확인서를 소지한 업체일 것 ※「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제33조 제1항에 따라 중소기업으로 간주되는 특별법인으로 「중소기업제품 공공구매제도 운영요령」 제45조에 따라 ‘특별법인 중소기업 간주 확인서’를 중소기업 또는 소상공인으로 발급받은 경우 입찰참가 가능(단, 특별법인은 특별법인임을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 함)

※‘중소기업·소상공인 확인서’가 중소기업제품 공공구매 종합정보망(http://www.smpp.go.kr)에서 확인(전자입찰서 제출 마감일 전일까지 발급된 것으로서 전자입찰서 제출 마감일까지 계속 유지되어야 함) 되지 않을 경우 입찰 참가자격이 없음 ※‘중소기업·소상공인 확인서’를 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 사항이 확인된 업체는 입찰참가가 가능하나 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 입찰참가자격이 없음 - 적격심사 서류제출 마감일까지 중소기업·소상공인 확인서가 발급 되지 않은 경우 - 발급된 중소기업·소상공인 확인서가 입찰참가자격의 기업 구분과 다른 경우 - 발급된 중소기업·소상공인 확인서의 유효기간 시작일이 전자입찰서 제출 마감일 이후(마감일 포함)인 경우 - 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 중소기업ㆍ소상공인확인서를 신청하지 않은 경우 6) 사업 수행에 필요한 전반적인 추진 상황은 사전에 발주부서와 충분히 협의한 후 진행할 것 7) 과제 수행 중 시료 상태, 해리 효율, QC 미충족, 일정 변경 등 문제가 발생할 경우, 수행기관은 즉시 발주부서와 공유하고 협의하여 대응 방안을 확정한 후 진행할 것 8) 수행기관은 Acellular CSF에서 세포외소포체를 분리하고, 이에 대한 특성 분석을 수행할 것 9) 서비스 내용 및 결과에 대해서는 비밀유지 및 보안 의무를 준수하여야 하며, 발주기관이 요청하는 경우 보안서약서를 작성할 것

10) 분석 데이터 결과 확인 후 데이터에 문제가 있는 경우, 수행기관은 원인을 파악하고 재실험 필요 여부를 발주기관과 협의하여 고품질 데이터를 확보할 것 11) 품명별 수량은 예산 총액 범위 내에서 변동될 수 있으며, 추가 수량이 발생할 경우 계약 단가를 기준으로 용역비에 추가 반영할 것. 또한 사업 내용의 추가 또는 변경이 있는 경우, 계약 내용에 포함하여 상호 협의 후 추진함 12) 수행기관은 발주기관과 공동으로 싱글셀 분석 데이터에 대한 심화 분석을 수행할 수 있어야 함 13) 기타 예외 사항은 용역수행기관과 발주기관 간 긴밀한 협의를 통해 결정할 것 14) 적격심사 시 적격심사 대상자가 제출한 이행실적이 입찰공고에서 정한 동등이상용역 또는 유사용역에 해당하는지를 확인하기 위하여, 발주기관은 해당 용역의 수행내용, 범위, 금액 및 수행기간 등을 확인할 수 있는 실적증명서, 계약서, 과업지시서, 세금계산서 등 필요한 증빙자료를 적격심사 대상자에게 요청할 수 있으며, 해당 자료는 입찰공고에 명시된 적격심사 이행실적 평가기준에 따른 실적 확인 목적으로만 활용함 15) 적격심사 이행실적 평가 기준은「조달청 일반용역 적격심사 세부기준」의 [별표1] 학술연구용역 적격심사 기준에 근거하여 해당 용역규모 대비 최근 5년(창업기업, 소기업, 소상공인은 7년)간 동등이상용역 및 유사용역 이행실적비율로 함 16) 동등이상용역은 단일세포/핵 전사체 용역을 인정하며, 유사용역은 NGS 용역 실적에 대해서만 인정함

17) 계약상대자(과업수행자)는 계약 체결 후 발주처의 요청이 있을 경우 계약일 로부터 7일 이내에 과업수행방법 및 과업수행과 관련하여 중요하다고 판단되는 사항에 대한 과업 수행 계획서를 제출하여 감독관의 승인을 받을 수 있음 === 3. 퇴직자 영입현황 확인서.hwp ===

퇴직자 영입현황 확인서

□ 계약명 : 1. 상기 계약과 관련하여 당사는 「국립암센터 퇴직자 영입현황」을 아래와 같이 제출합니다.