[일반용역](협상,3차)바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석

요약 AI 요약

생물안전 3등급(BL3) 바이러스(코로나19, SFTSV 등)에 감염된 뇌·간 등 오가노이드에서 단일세포 전사체 변화와 단백체 변화를 규명하고자 한다. 이를 위해 단일세포 전사체 분석과 단백체 분석을 수행하여 감염 반응 관련 주요 바이오마커 동정에 활용한다.

• BL3 바이러스 감염·비감염 오가노이드 8건에 대한 해리(dissociation) 조건 확립 및 세포 품질평가(QC)
• 바이러스 특이 RNA/transcript 검출용 custom detection probe 설계·제작(바이러스당 target 유전자 2개 이상, target당 probe set 2~3개)
• 10x Genomics Flex APEX 기반 gene expression probe set과 custom probe를 적용한 cDNA 라이브러리 제작 및 단일세포 시퀀싱(시료당 20,000세포, 세포당 평균 10,000 read, 샘플당 60G 이상)
• cell ranger를 이용한 기본 품질평가 및 단일세포 RNA-seq 기본 분석, FASTQ·web summary HTML 등 결과 제공
• Olink target 96 플랫폼(PEA·NGS 기반)을 이용한 88건 시료의 단백질 추출·QC 및 단백체 발현 분석(NPX 값 산출, 정규화, 품질 기준 확인)
• 단백체 다각도 분석(Signal deviation plot, Z-score box plot, HeatMap, MDS plot, 차등 발현 단백질 분석, Gene-Enrichment and Functional Annotation) 및 최종 결과보고서 제출

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사업 내용 · 이 공고에 든 일

중심 · 단일세포 전사체 분석

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료의 해리·QC·라이브러리 제작·시퀀싱·분석을 수행하는 실험실 분석 용역이다.

• 오가노이드 종류별 해리 프로토콜 제공
• 바이러스 불활화 및 단일세포 현탁액 QC
• 바이러스 특이 custom detection probe 설계·제작
• 10x Genomics Flex Apex 기반 cDNA 라이브러리 제작
• Illumina NovaSeq 시퀀싱(시료당 60G 이상)
• Cell Ranger 기반 기본 분석 및 QC 지표 제공
• 시료 직접 방문 수거·운송 및 잔여 시료 반납
• 단계별 프로토콜 및 최종 결과보고서 제출

중심 · 단백체 분석

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

88건 시료의 단백질 추출·QC와 Olink PEA 기반 단백체 발현 분석을 수행하는 실험실 분석 용역이다.

• M-PER 시약 제공 및 단백질 추출
• BCA assay 기반 단백질 농도 측정
• Olink Target 96 패널 라이브러리 제작
• High Sensitivity D1000 QC
• Illumina NovaSeq X 시퀀싱 및 NPX 값 추출
• Normalization 및 품질 기준 확인
• DEP 분석, HeatMap, MDS plot 등 시각화
• 시료 직접 방문 수거·운송 및 잔여 시료 반납
• 단계별 프로토콜 및 최종 결과보고서 제출

평가 · 배점

기술 : 가격 — 기술 80점 · 가격 20점

협상 대상 기준 · 제안서 평가결과, 기술능력 평가 점수가 기술능력평가분야 배점한도(80점)의 85% 이상인 업체를 협상대상자로 선정

참가 자격 · 제한

업종제한

유전자검사기관(5331) 그리고 데이터분석제공사업자(6539)

지역제한

제한 없음

공동수급

공동수급불허

입찰참가 제한

없음

실적경쟁 · PQ

해당 없음

국제입찰

국내입찰

제출 방법

전자입찰

입찰 일정

가격

추정가격

86,560,000원

배정예산

95,216,000원

예정가격 방식

비예가

공고 정보

공고종류

등록공고 (일반공고)

게시일

09/23(수)

공고번호

R26BK01741340-000

참조번호

국립보건연구원 공고 제2026-489호

공고기관

질병관리청 국립보건연구원

수요기관

질병관리청 국립보건연구원

계약방법

제한경쟁

낙찰방법

협상에의한계약

계약유형

총액계약

예정가격 방식

비예가

추정가격

86,560,000원

배정예산

95,216,000원

공공조달분류

연구조사서비스 › 학술연구서비스 › 보건복지연구조사서비스

사전규격번호

R26BD00267029

재공고

아니오

출처

나라장터

첨부파일

• HWPX · 산출내역서(공내역)_단일세포 및 단백체.hwpx · 공고규격서
• HWPX · 제안요청서_단일세포 및 단백체 분석_최종.hwpx · 공고규격서
• HWPX · [협상공고문](3차)제2026–489호_ 바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석.hwpx · 공고규격서
• PDF · [협상공고문](3차)제2026–489호_ 바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석.pdf · 공고규격서

첨부 내용을 정리한 글 — 자격 · 배점 · 일정 · 발췌 ›

문서 발췌

과업·요구

=== 제안요청서_단일세포 및 단백체 분석_최종.hwpx === (제안요청서)

바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석

2026. 8. 국립보건연구원 신종바이러스매개체연구과

1. 사업개요

가. 사업명: 바이러스 감염 오가노이드의 단일세포 및 단백체 분석 나. 사업기간: 계약일 ~2026.12.11. 다. 계약방법: 제한경쟁입찰(협상에의한계약) 라. 소요예산: 95,216,000원(부가세포함)

2. 추진계획

가. 배경 및 필요성 ○ 오가노이드를 활용한 감염병 동물대체시험법 모델 구축을 위해 생물안전 3등급(BL3) 바이러스(코로나19, SFTSV 등)가 감염된 뇌, 간 등 다양한 오가노이드에서의 단일세포 전사체 변화 및 단백체 변화를 규명하고자 함. ○ BL3 등급의 바이러스가 감염된 3차원 조직 유사체인 오가노이드 등에서 단백질 발현 변화를 정량적으로 평가하고, 감염 반응 관련 주요 바이오마커의 동정 및 역할을 규명하는데 활용하고자 함. 나. 주요 사업 내용 ○ BL3 바이러스 감염 오가노이드 시료에서 dissociation과 Cell QC 과정을 수행 후, cDNA library 제작을 통해 8개의 단일세포 전사체 분석을 진행하여 Raw data 및 기초 통계 분석 후 다양한 시각화 결과 생산하여 제공함. ○ PEA 기반의 Olink target 96 플랫폼을 이용한 88건의 시료에 대한 단백질 추출과 QC 후, 단백체 발현 분석을 진행하여 다양한 기능적 및 시각화 결과 제공함.

3. 과업내용

가. 단일세포 분석 ❍ 발주부서 제공 BL3 등급 바이러스 감염 또는 비감염 오가노이드를 이용한 단일세포 cDNA 합성 및 라이브러리 제작을 통한 데이터 생산 - 발주부서에서 의뢰 예정인 뇌, 간 등 오가노이드 종류에 맞는 해리 프로토콜을 발주부서에 제공 * BL3 등급 바이러스 감염 오가노이드 특성 상, 분석 시료 외부 반출 시 dissociation(해리) 선행 후 불활화 과정 필요 * 적정 buffer, 세포 농도, 응집 여부 및 시료 상태 등 최적 조건을 확보하기 위한 사전 실험 용도의 비감염 오가노이드는 발주부서에서 제공하며, 수행기관에서 직접 해리 조건 확립 * 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주부서를 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수 - 수행기관에서 확립한 조건으로 총 8건의 시료에 대한 해리 과정을 진행 후, 바이러스 불활성화 성분이 일정농도 이상 포함된 불활화 용액으로 고정한 단일세포 현탁액에 대해 품질평가(QC) 실시 * 8건 시료에 대한 세부 그룹군은 최적의 오가노이드 상태 유지를 위한 분화 일정 및 우선순위에 따라 논의 후 결정 - 바이러스 감염세포 종류를 단일세포 수준에서 식별 및 검증하기 위하여 바이러스 특이 RNA/transcript 검출용 custom detection probe 설계 및 제작 * 각 바이러스 당 최소 2개 이상의 target 유전자 선별, 각 target 유전자 당 2~3개의 probe set 제작 - 10x Genomics 사의 FLES APEX 기반 gene expression probe set과 제작한 바이러스 특이 custom probe를 적용하여 cDNA 라이브러리 제작 및 단일세포 시퀀싱 - 시료 1건 당 20,000개의 세포를 target으로 하고, 세포 당 평균 10,000 read 수준으로 시퀀싱하여 샘플 당 60G 이상의 데이터 생산 - Quality Score 30 기준 최소 80% 이상 충족하며, 각 해독 데이터 생산조건 미달성 시 추가 샘플링 또는 라이브러리 재 구축 진행 - 생산된 sequencing data에 대해 10x Genomics에서 지원하는 cell ranger를 이용하여 기본 품질평가 및 단일세포 RNA-seq 기본 분석 수행 - 각 시료별 sequencing raw data는 FASTQ 형식 및 cell ranger web summary HTML 파일을 함께 제공하며, 해당 요약 파일에는 분석에 사용된 세포수, 세포당 read 수, 세포당 검출 유전자 수, sequencing qulity 등 주요 QC 지표 포함

- Custom detection probe를 이용하여 확보된 검출 결과를 단일세포 전사체 프로파일링 데이터와 연계하여 세포 유형별 전사 반응 특성 분석 및 해석방법 지원 - 시퀀싱 원시 데이터(raw data), 유전자 발현 행렬 및 품질 필터링이 적용된 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출 - 본 데이터를 이용한 성과 활용을 위하여 각 단계별 상세 프로토콜(국문 또는 영문 material & methods, analysis 등) 및 결과가 포함된 최종 결과보고서 제출 - 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납 * 기타 예외 및 과업 진행에 따른 문제 등 관련 사항은 발주부서와 협의 후 결정 나. 단백체 분석 ❍ Proximity Extension Assay(PEA) 기법과 Next Generation Sequencing(NGS)를 이용한 단백체 데이터 생산 - M-PERTM Mammalian protein extraction reagent(thermo scientific)를 발주부서에 제공, 발주부서에서 제공하는 소량의 시료(오가노이드 세포, 상등액 등) 약 88건으로부터 단백질 추출 * 모든 시료는 시료의 안정성 유지 및 손상을 최소화하기 위해 수행기관에서 발주 부서로 직접 방문하여 시료 수거 및 운송 필수 - BCA protein assay kit(Piercetm)를 사용하여 synergy HTX microplate reader(BioTeK) 장비로 추출된 단백질 농도 측정 - PEA와 NGS 기반 분석을 활용하여 단백질 데이터를 분석하는 방법인 Olink 플랫폼을 이용하기 위해 선별된 시료는 Olink target 96 시약으로 라이브러리 제작 * 패널은 시료 그룹 및 분석 목적에 따라 inflammation, immune surveilance, immune response 등 발주부서와 논의 후 결정 - 제작된 라이브러리는 High Sensitivity D1000 ScreenTape assay and reagents를 사용하여 aglient High Sensitivity D1000 ScreenTape System을 통해 품질(QC) 확인 - 선별된 라이브러리는 Illumina NovaSeq X로 시퀀싱하며 결과는 Normalized Protein Expression(NXP) 값으로 출력 - 실험 품질(QC)는 Internal Control(Incubation, Extension, Ampilification)과 External Control(Sample, Plate, Negative Control)을 통해 모니터링하며, MPX Map 소프트웨어를 통해 데이터 분석

- 시퀀싱 이후 생성되는 raw data 파일을 NPX Map 소프트웨어 또는 Olink MAP 소프트웨어를 이용하여 count로부터 변환된 NPX 값 추출 - Randomizing이 잘 된 여러 plate가 하나의 프로젝트인 경우에는 intensity normalizaion을 진행하고, 하나의 plate를 사용하는 경우 plate control normalizaion 진행 * 실제 샘플 수량에 따른 plate batch는 발주부서와 논의 후 진행 - 여러 plate를 사용하거나 수행 시기 등의 차이가 있어 batch effect가 우려될 경우 16개 정도 bridge sample을 사용하여 bridge normalization을 시도 - Flagged, Detectability of Protein, %CV(Intra & Inter), Missing sample 확인 등 Olink target 96에서 필수적인 품질 기준 확인 - Signal deviation plot, Z-score box plot, HeatMap, MDS plot, Differentially Expressed Protein Analysis of Olink(T-test, ANOVA 등), Gene-Enrichment and Functional Annotation 등 다각도 분석 수행 및 결과 값 제공 - 원시 데이터(raw data) 및 분석 데이터(filtered data) 등 모든 분석 최종 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출 - 본 데이터를 이용한 성과 활용을 위하여 각 단계별 상세 프로토콜(국문 또는 영문 material & methods, analysis 등) 및 결과가 포함된 최종 결과보고서 제출 - 분석에 사용하고 남은 잔여 시료는 발주부서에 직접 방문하여 반납 * 기타 예외 및 과업 진행에 따른 문제 등 관련 사항은 발주부서와 협의 후 결정

5. 과업수행 시 요구사항

가. 사업 수행 1) 과업 수행에 필요한 전반적인 추진 상황은 발주부서와 사전 논의하여 진행하며, 수행 과정 중에 과업 관련 경미한 변경 필요 또는 문제 발생 시 즉시 긴밀하게 협의하여 추진하여야 함 2) 제안서 평가에서 선정된 업체는 제안서에 명시된 참여 인력을 투입하여 본 연구를 성실히 수행하여야 함 3) 분석시료(오가노이드 등)는 용역수행기관에서 발주부서로 직접 방문하여 수령하고, 제공된 물질 및 참고자료 등은 본 과업 목적 이외의 용도로 사용을 금지함 4) 용역수행기관 담당자는 발주부서의 별도 요청이 없어도 과제진행상황 (접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 현행화하여 월 1회 발주부서 담당자에게 통보 5) 검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시(총 3회) 이내 재검사 실시 6) 사업 추진 중 특별한 사유를 제외하고 수행기관이 발주부서의 요청에 응하지 않는 경우, 발주기관은 사업의 계약을 해지할 수 있음 7) 본 용역 수행으로 발생하는 지적재산권에 대해서는 발주부서와 계약상대자가 공동으로 소유하며, 계약목적물의 특수성을 고려하여 계약당사자 간 협의를 통해 진행 8) 과제 참여 수행기관(연구진)에 대한 발주부서 요구사항으로는 아래와 같음 : 데이터 생산에 대한 툴 직접 개발 등 과업 관련 발생가능한 문제 해결을 위한 자체 전문기술 보유 및 동일(유사) 과업 수행 이력을 보유한 기업 참여 필요 - 시료의 상태, 해리 효율, 품질 관리(QC) 미충족, 일정 변경 등 문제 발생 시, 수행기관은 즉시 발주부서와 협의하여 대응 방안을 확정 한 후 진행 할 것 - 바이러스 감염여부까지 확인 할 수 있는 FLEX probe 디자인 설계를 하고 단일세포 분석 등에 적용 가능 할 것 - 분석 내용 및 결과에 대해서는 비밀유지 및 보안 의무를 준수하여야 하고, 발주부서에서 요청 시 보안서약서를 작성할 것 - 분석 데이터 결과 확인 후 데이터에 문제가 있을 경우, 용역수행기관은 원인을 파악하고 재실험 필요 여부 등 발주부서와 협의하여 고품질 데이터를 확보할 것 - 품명이나 품명별 수량은 예산 총액 범위 내에서 변동될 수 있으며, 추가 수량 발생시 계약 단가를 기준으로 용역비 한도 내에서 협의하에 내용 추가 또는 변경 논의 후 추진할 것 - 분석결과 최종보고서에 제출한 데이터에 대한 분석 및 도식화 자료는 성과활용 목적에 따라, 발주부서에서 분석방법을 변경하여 요청할 경우 과업종료 후 3개월까지 지원할 것

참가자격

6. 추진일정

가. 용역 수행: 계약 체결일로부터 ~2026. 12. 11. 나. 결과보고 및 사업평가: 계약 종료일로부터 14일 이내

7. 제안 안내 사항

가. 사업자선정 1) 선정방법 ○ 제한경쟁입찰(협상에 의한 계약) - 객관적이고 공정한 제안서 평가 절차를 통해 사업수행을 위한 적격업체선정 2) 입찰참가 자격요건 ○ 본 제안 과업의 수행이 가능한 업체로 아래 요건을 모두 갖춘 사업자 ○「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 반드시 입찰(개찰)일 전일까지 나라장터에 유전자검사기관[업종코드 5331], 데이터분석제공사업자[업종코드 6539]로 입찰참가 등록한 자 ○ 중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 제33조제1항에 의거 중소기업자로 간주되는 특별법인과 동법 시행령 제2조의3 제2호에 해당하는 비영리법인은 입찰참가가 가능함 ○ 입찰참가 대상자는 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중·소기업자 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서, 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 중·소기업(소상공인) 확인서를 소지한 업체일 것. 해당 확인서는 입찰서 제출 마감일까지 유효하여야 함. ○ 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제 12조(경쟁입찰의 참가 자격)에 해당하고, 동법시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 저촉되지 않은 경쟁입찰 참가조건을 구비한 자 ○ 공동수급 및 하도급 불가

배점·평가

3) 계약조건 ○ 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제43조에 의한 『협상에 의한 계약체결』 4) 낙찰자 선정절차 ○ 입찰공고 → 제안서 접수 → 제안서평가 → 협상적격자 선정 → 가격평가 → 협상우선자 선정 →협상에 의한 사업자 선정 및 계약체결 ○ 제출서류를 받아 가격 및 기술평가를 실시하고 종합점수 상위 업체부터 순차적으로 협상하여 가장 유리하다고 인정되는 자를 사업자로 선정 5) 기술평가 기준 및 배점 ○ 평가주체 : 신종바이러스·매개체연구과(서면평가) ○ 제안서 평가는 기획재정부 계약예규 ‘협상에 의한 계약체결기준’에 의거, 기술평가와 가격평가로 구분하여 종합평가하되 평가비중은 기술평가 80%, 가격평가 20%로 선정 - 제안서 평가결과, 기술능력 평가 점수가 기술능력평가분야 배점한도(80점)의 85% 이상인 업체를 협상대상자로 선정 ○ 기술평가는 관련 분야 전문가로 평가위원회를 구성하여 평가기준에 따라 부문별 배정을 부여하여 평가. ○ 평가는 제안서 평가위원별로 평가기준에 의하여 평가표를 작성. ○ 상기 기준을 적용함을 원칙으로 하되 평가위원회에서 부득이 조정이 필요하다고 인정할 경우 평가위원 과반수 찬성에 의하여 조정 가능하도록 함.

<평가항목 및 배점>

○ 입찰마감 후 제출된 사업계획서(제안서)의 기술능력평가(위원별로 최고․ 최저점수 1개를 제외한 점수의 산술평균) 및 입찰가격평가를 합산하여 고득점 순으로 협상대상자를 선정하고, 선정업체에 개별 통지 6) 협상 절차 ○ 평가결과 최고점수를 받은 자를 우선협상대상자로 선정하여 다른 협상대상자에 우선하여 협상을 실시(기간 : 통보일 기준 15일 이내, 다만, 해당사업의 규모, 특수성, 난이도 등에 따라 협상대상자와의 협의에 의하여 5일의 범위 내에서 조정 가능)하고, 협상 기간 내 우선 협상대상자와 협상이 이루어지면 차순위 업체와의 협상은 생략하고, 협상이 결렬되면 동일한 조건으로 차순위 업체와 협상을 실시 * 최고점수를 받은 자가 복수인 경우 우선협상대상자는 기술능력 평가점수가 높은 제안자를 선순위자로 하고, 기술능력 평가점수도 동일한 경우에는 기술능력의 세부평가항목 중 배점이 큰 항목(사업의 이해도)에서 높은 점수를 얻은 업체를 선정 ○ 협상적격자가 없는 경우 재공고 입찰에 부칠 수 있음 ○ 모든 협상적격자와 협상 결렬시 재공고 입찰에 부칠 수 있음 7) 가격 협상 ○ 가격 협상 시 기준가격은 해당 사업 예산 이하로써 협상대상자가 제안한 가격으로 함 ○ 협상대상자가 제안한 내용을 가감하는 경우에는 그 가감되는 내용에 상당하는 금액을 당해 해당사업 예산 범위 내에서 조정할 수 있음

참가자격

① 경쟁입찰 참가자격을 갖추고, 조달청 입찰참가자격 등록증을 소지한 사업자 ②「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 의하여 입찰마감일 전일까지 국가종합전자조달시스템(나라장터(G2B))에 유전자검사기관[업종코드 5331], 데이터분석제공사업자[업종코드 6539]로 입찰참가자격을 모두 등록한자 ③ 국가를 당사자로하는 계약에 관한 법률」제27조 및 동법 시행령 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 해당되지 않은 업체 나. 해당 공고는 소기업.소상공인 대상으로의 재공고 유찰된 건으로「판로지원법 시행령」제2조의2제1항1호나목에 의해「중소기업 기본법」제2조에 따른 중·소기업 또는「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」제2조에 따른 소상공인으로서「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 ‘중·소기업·소상공인 확인서’를 소지한 자가 참여 가능 ※ <중·소기업·소상공인확인서>가 ‘중소기업제품 공공구매 종합정보망(http://www.smpp.go.kr)’에서 확인이 안 될 경우 입찰 참가자격이 없습니다. - 단, <중·소기업·소상공인확인서>는 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 것으로 유효기간 내에 있어야 합니다. - 다만, <중·소기업·소상공인확인서>를 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 업체는 입찰참가가 가능하나, 제안서 제출일로부터 5일 이내에 중소기업공공구매 종합정보망에서 확인이 되지 않거나 입찰참가자격상 기업구분이 다른 경우에는 참가자격이 없습니다. -「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령」제2조의3(중소기업자와의 우선조달계약에 대한 예외)에 의거 본 사업에 비영리법인 참여 가능

과업·요구