식도암 환자 치료 전후의 세포군집 변화 및 전사체 특성 분석

요약 AI 요약

식도암 환자의 치료 전후에 나타나는 종양 및 종양 미세환경의 세포 조성 변화와 전사체 특성을 싱글셀 수준에서 분석하여, 치료 반응과 연관된 생물학적 변화를 규명하고자 한다. 이를 통해 세포 아형별 반응 양상과 이질성을 파악하여 향후 치료 반응 예측 및 맞춤형 치료 전략 수립에 활용할 기초 데이터를 확보하는 것이 목적이다.

• 식도암 환자 시료 총 7개 검체의 single-cell RNA-seq 데이터 생산 및 기본 분석
• 조직으로부터 단일세포 분리 및 품질관리(QC) 수행
• 발주처에서 제공한 항체를 이용한 세포 sorting(FACS) 수행
• library 제작 및 시퀀싱(NovaSeq X, 세포 1개당 최소 2만 read 이상)
• 특정 유전자 mutation 확인을 위한 targeted amplification 및 custom library 구축·시퀀싱
• Sample QC, library QC 보고서, 데이터 QC 결과가 포함된 용역 종결보고서 작성 및 제출

AI에게 이 공고를 물어볼 때 · ChatGPT · Claude에 이 링크를 함께 주면 공고문과 첨부를 정리한 글을 읽고 답합니다. /ai/projects/R26BK01741126 · 베타 기간 무료

사업 내용 · 이 공고에 든 일

중심 · 식도암 시료 single-cell RNA-seq 데이터 생산 및 기본 분석

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

식도암 환자 조직 시료를 단일세포로 해리·FACS sorting하고 10x Genomics로 라이브러리 제작·시퀀싱하여 FASTQ와 count matrix를 생산하는 실험실 분석(시퀀싱) 용역이다.

• 발주처 제공 시료 운반 및 픽업 당일 전처리 착수
• 조직 해리(mincing→효소 소화→기계적 해리) 및 단일세포 QC(세포수·생존율)
• 발주처 제공 항체를 이용한 FACS sorting 및 표적 세포군 선별
• 10x Genomics Chromium GEM-X Single Cell 3′ Reagent Kit v4 기반 GEM generation·라이브러리 제작
• 특정 유전자 mutation 확인용 targeted amplification·custom library 구축 및 시퀀싱
• 라이브러리 QC(Bioanalyzer/TapeStation·Qubit·qPCR)
• Illumina NovaSeq X 시퀀싱 및 data QC(Q30 80% 이상, 세포당 2만 read 이상)
• Cell Ranger 1차 처리 및 web summary·count matrix 제공
• Sample QC·library QC 보고서·데이터 QC 결과 포함 용역 종결보고서 작성·제출
• raw data(FASTQ·BAM) 외장하드/FTP 제출, 분리 세포 제공·반납
• 데이터 문제 시 원인 파악·재실험 협의, 발주기관과 공동 심화 분석

참가 자격 · 제한

업종제한

유전자검사기관(5331)

지역제한

제한 없음

공동수급

공동수급불허

입찰참가 제한

없음

실적경쟁 · PQ

해당 없음

국제입찰

국내입찰

제출 방법

전자입찰

입찰 일정

가격

추정가격

43,636,364원

배정예산

48,000,000원

기초금액

47,040,000원 (예비가격 -2% ~ +2%)

낙찰하한율

86.245%

예정가격 방식

복수예가

공고 정보

공고종류

등록공고 (일반공고)

게시일

09/22(화)

공고번호

R26BK01741126-000

참조번호

국립암센터 입찰공고 제2026-214호

공고기관

국립암센터

수요기관

국립암센터

계약방법

제한경쟁

낙찰방법

적격심사제

계약유형

총액계약

예정가격 방식

복수예가

추정가격

43,636,364원

배정예산

48,000,000원

공공조달분류

연구조사서비스 › 학술연구서비스 › 과학기술연구조사서비스

사전규격번호

R26BD00275300

재공고

아니오

출처

나라장터

첨부파일

• HWP · 1. 입찰공고서.hwp · 공고규격서
• PDF · 1. 입찰공고서.pdf · 공고규격서
• ZIP · 2. 입찰공고서 관련 붙임문서.zip · 공고규격서

첨부 내용을 정리한 글 — 자격 · 배점 · 일정 · 발췌 ›

문서 발췌

과업·요구

가. 사업명 : 식도암 환자 치료 전후의 세포군집 변화 및 전사체 특성 분석 나. 사업예산 : 48,000,000원(부가세포함) 다. 계약기간 : 계약체결일로부터 2주 이내 라. 입찰방법 : 제한경쟁 / 적격심사제 / 총액입찰 마. 과업내역 1) 식도암 환자 시료를 이용한 총 7개 검체의 single-cell RNA-seq 데이터 생산 및 기본 분석 - 조직으로부터 단일세포 분리 및 품질관리(QC) 수행 - 발주처에서 제공한 항체를 이용한 세포 sorting 수행 - library 제작 및 시퀀싱 2) Sample QC, library QC 보고서, 데이터 QC 결과가 포함된 용역 종결보고서 작성 및 제출 바. 세부내용 : 과업지시서 참조 2. 입찰·개찰의 일시 및 장소 가. 입찰 1) 제출 시작일시 : 2026.09.22.(화) 2) 제출 마감일시 : 2026.09.30.(수) 10:00 3) 제출 장소 : 국가종합전자조달시스템(나라장터) 4) 제출 방법 : 총액입찰(부가가치세 포함) * 본 입찰은 전자입찰로만 진행하며, 입찰서는 제출 기간 중 24시간 제출이 가능함 (제출 확인은 국가종합전자조달시스템 웹 송신함에서 확인 가능) * 전자입찰 입찰자 신원확인제도가 적용되므로 개인인증서를 보유한 대표자(또는 사전에 등록된 입찰대리인)만이 입찰서 제출이 가능함 * 본 입찰은 총액입찰이므로 부가가치세 및 제세비용과 운반비 등 납품, 설치에 따른 모든 비용을 포함한 총액으로 투찰하여야 함 * 입찰자가 면세사업자인 경우 입찰금액은 반드시 부가가치세를 포함하여 투찰하여야 함 * 낙찰자가 면세사업자인 경우 낙찰금액에서 부가가치세 상당액을 차감한 금액을 계약금액으로 함

참가자격

나. 개찰일시 및 장소 1) 개찰일시 : 2026.09.30.(수) 11:00 이후 2) 개찰장소 : 물류관리팀 입찰담당자 PC 3. 입찰참가자의 자격에 관한 사항 (다음 자격을 모두 갖춘 업체이어야 함) 가. 「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 국가종합전자조달시스템(나라장터)에 입찰참가자격을 등록한 자 나. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제12조(경쟁입찰의 참가 자격) 및 「동법 시행규칙」 제14조(입찰참가자격요인의 증명)에 따른 요건을 갖추고 입찰공고서, 과업지시서, 계약 특수조건 등의 내용을 수락한 자 다. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제27조(부정당업자의 입찰참가자격 제한 등), 제27조의5(조세포탈 등을 한 자의 입찰 참가자격 제한), 「동법 시행령」 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 의하여 입찰 자격 제한을 받지 않는 자 라. 「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 의하여 국가종합전자조달시스템(나라장터)에 입찰서 제출 마감일 전일까지 ‘유전자검사기관’(업종코드 : 5331) 으로 입찰참가자격을 등록한 자 마. 「중소기업기본법」 제2조(중소기업자의 범위)에 따른 중소기업자 또는 「소상공인기본법」 제2조(정의)에 따른 소상공인으로서, 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」제4조(중소기업 확인방법)에 따라 발급된 중소기업·소상공인 확인서를 소지한 업체일 것

※「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제33조 제1항에 따라 중소기업으로 간주되는 특별법인으로 중소기업제품 「공공구매제도 운영요령」 제45조에 따라 ‘특별법인 중소기업 간주 확인서’를 중소기업 또는 소상공인으로 발급받은 경우 입찰참가 가능(단, 특별법인은 특별법인임을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 함) ※‘중소기업·소상공인 확인서’가 중소기업제품 공공구매 종합정보망(http://www.smpp.go.kr)에서 확인(전자입찰서 제출 마감일 전일까지 발급된 것으로서 전자입찰서 제출 마감일까지 계속 유지되어야 함) 되지 않을 경우 입찰 참가자격이 없음 ※‘중소기업·소상공인 확인서’를 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 사항이 확인된 업체는 입찰참가가 가능하나 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 입찰참가자격이 없음 - 적격심사 서류제출 마감일까지 중소기업·소상공인 확인서가 발급 되지 않은 경우 - 발급된 중소기업·소상공인 확인서가 입찰참가자격의 기업 구분과 다른 경우 - 발급된 중소기업·소상공인 확인서의 유효기간 시작일이 전자입찰서 제출 마감일 이후(마감일 포함)인 경우 - 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 중소기업ㆍ소상공인확인서를 신청하지 않은 경우 4. 입찰보증금 납입 및 귀속 가. 입찰자는 아래에 해당하는 경우 입찰금액의 100분의 5 이상에 해당하는 입찰 보증금을 입찰등록조서 작성 시 함께 제출(납부)해야 함

과업·요구

2) 이를 통해 기존의 bulk 기반 분석으로는 확인하기 어려운 세포 아형별 반응 양상과 이질성을 파악하고, 향후 식도암 환자의 치료 반응 예측 및 맞춤형 치료 전략 수립에 활용 가능한 기초 데이터를 확보하는 것을 목적으로 함 3. 사업 내용 1) 사업 예산 : 48,000,000원 (부가세 포함) 2) 계약 기간 : 계약일로부터 2주 이내 3) 사업수행체계

4. 용역 업무 범위 1) 발주기관은 사전 협의된 조건에 따라 분석 시료를 준비하여 제공함 • 발주부서에서 제공하는 검체는 분석 시료 종류 및 수량 상호 협의 후 변경 가능함 2) 수행기관은 발주기관이 제공한 분석 시료(식도암환자 유래 조직 시료)를 운반함 • 픽업 당일 single-cell RNA-seq 전처리(해리 및 QC 등)가 착수되어야 함 3) 수행기관은 발주기관과 협의하여 확정한 세포 해리 방법에 따라 식도암 조직 시료를 단일세포로 해리함 • 식도암 시료는 치료 전후에 따라 종양세포 생존율, 조직 괴사, 섬유화, 면역세포 침윤 정도가 상이할 수 있으므로, 수행기관은 시료 특성을 고려한 dissociation 조건 및 전처리 전략을 수립하여 발주기관과 협의 후 적용하여야 함 • 조직 전처리는 수행기관 SOP를 기반으로 절단(mincing) → 효소 소화(예: Collagenase/Dispase/DNase 등) → 기계적 해리 순으로 수행함 4) 조직으로부터 분리된 단일세포는 발주처에서 제공한 항체를 활용하여 수행기관에서 FACS sorting을 실시하고, 표적 세포군을 선별함 5) 수행기관은 단일 세포 QC를 수행함 • Automatic cell counter 및 형광 dye를 이용하여 세포수(cell number) 및 생존율(viability)를 확인함 • 라이브러리 제작에 부적합할 경우 RBC lysis, dead cell removal, filtration 등의 절차를 수행할 수 있어야 하며, cell number, viability, purity(이물/잔존 debris 수준), concentration 등 라이브러리 제작 적합성 판단 근거 제시해야 함 - viability 권고 기준 ≥ 70% (수행기관 표준 SOP에 따름) - 세포 농도 및 회수율 측정 (Countess/Flow 등)

6) 수행기관은 10x Genomics Chromium GEM-X Single Cell 3′ Reagent Kit v4를 이용하여 샘플당 20,000개 수준의 세포를 목표로 캡처하고 GEM generation 및 라이브러리 제작을 수행함 • 발주처에서 지정하는 특정 유전자의 mutation 확인을 위하여, single-cell GEX 분석과 별도로 해당 유전자에 대한 targeted amplification 및 custom library를 구축하고 시퀀싱을 수행할 수 있어야 함 7) 수행기관은 라이브러리 QC를 수행함 • Bioanalyzer/TapeStation profile, Qubit 정량, qPCR 정량(수행기관 표준 SOP) 8) 수행기관은 Illumina사 NovaSeq X 시퀀서를 이용하여 raw data(FASTQ)를 생산하고 data QC를 수행함 • Sequencing quality Q30(phred score) 기준 80% 이상 충족해야 함 9) 수행기관은 발주기관이 요구한 세포 1개당 최소 2만 개 이상의 read를 생산함 • 생산 조건 미달 시, 수행기관은 추가 시퀀싱(데이터 생산)을 진행함 10) 수행기관은 10x Genomics의 Cell Ranger를 통해 raw data를 1차 처리하고, web summary(QC 요약), count matrix 및 기본 분석 결과를 제공함. 추가적인 심화 downstream 분석 항목은 발주기관과 별도 협의할 수 있음 5. 결과 제출 및 양식

참가자격

1) 최종 보고서는 용역 마감일 이전에 제출하되, 생산된 데이터는 발주기관과 용역수행기관 간 협의하여 수행기간 중에도 요청하여 수령할 수 있음 (결과 형태는 사전에 발주부서와 협의) 2) 용역 완료 후 모든 raw data (FASTQ, BAM)와 최종결과보고서는 외장하드 또는 FTP link로 제출해야 함 3) 세포(또는 필요 시 핵)에 대한 count 및 viability QC 보고 4) 분리 및 보관한 단일세포 또는 핵은 발주처와 협의한 방식으로 제공 또는 반납 6. 필수 사항 1) 입찰공고일 기준 「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 유전자검사기관(업종코드 : 5331)으로 신고를 필한 업체일 것 2) 입찰참가 대상자는 「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제2조에 따른 중소기업자 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서, 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 중소기업·소상공인 확인서를 소지한 업체일 것 ※「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제33조 제1항에 따라 중소기업으로 간주되는 특별법인으로 중소기업제품 「공공구매제도 운영요령」 제45조에 따라 ‘특별법인 중소기업 간주 확인서’를 중소기업 또는 소상공인으로 발급받은 경우 입찰참가 가능(단, 특별법인은 특별법인임을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 함) ※‘중소기업·소상공인 확인서’가 중소기업제품 공공구매 종합정보망(http://www.smpp.go.kr)에서 확인(전자입찰서 제출 마감일 전일까지 발급된 것으로서 전자입찰서 제출 마감일까지 계속 유지되어야 함) 되지 않을 경우 입찰 참가자격이 없음

※‘중소기업·소상공인 확인서’를 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 신청한 사항이 확인된 업체는 입찰참가가 가능하나 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 입찰참가자격이 없음 - 적격심사 서류제출 마감일까지 중소기업·소상공인 확인서가 발급 되지 않은 경우 - 발급된 중소기업·소상공인 확인서가 입찰참가자격의 기업 구분과 다른 경우 - 발급된 중소기업·소상공인 확인서의 유효기간 시작일이 전자입찰서 제출 마감일 이후(마감일 포함)인 경우 - 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 중소기업ㆍ소상공인확인서를 신청하지 않은 경우 3) 사업 수행에 필요한 전반적인 추진 상황은 사전에 발주부서와 충분히 협의한 후 진행할 것 4) 분리된 세포는 발주처에서 제공하는 항체를 이용하여 수행기관에서 직접 FACS sorting을 실시하고, 사전에 협의된 marker 및 gating 기준에 따라 연구 목적에 부합하는 표적 세포군을 선별할 수 있어야 함 5) 발주처에서 지정하는 특정 유전자의 mutation 확인을 위하여, single-cell GEX 분석과 별도로 해당 유전자에 대한 targeted amplification 및 custom library를 구축하고 시퀀싱을 수행할 수 있어야 함 6) 분석 데이터 결과 확인 후 데이터에 문제가 있는 경우, 수행기관은 원인을 파악하고 재실험 필요 여부를 발주기관과 협의하여 고품질 데이터를 확보할 것

배점·평가

7) 수행기관은 발주기관과 공동으로 싱글셀 분석 데이터에 대한 심화 분석을 수행할 수 있어야 함 8) 기타 예외 사항은 용역수행기관과 발주기관 간 긴밀한 협의를 통해 결정할 것 9) 적격심사 시 적격심사 대상자가 제출한 이행실적이 입찰공고에서 정한 동등이상용역 또는 유사용역에 해당하는지를 확인하기 위하여, 발주기관은 해당 용역의 수행내용, 범위, 금액 및 수행기간 등을 확인할 수 있는 실적증명서, 계약서, 과업지시서, 세금계산서 등 필요한 증빙자료를 적격심사 대상자에게 요청할 수 있으며, 해당 자료는 입찰공고에 명시된 적격심사 이행실적 평가기준에 따른 실적 확인 목적으로만 활용함 10) 적격심사 이행실적 평가 기준은「조달청 일반용역 적격심사 세부기준」의 [별표1] 학술연구용역 적격심사 기준에 근거하여 해당 용역규모 대비 최근 5년(창업기업, 소기업, 소상공인은 7년)간 동등이상용역 및 유사용역 이행실적비율로 함 11) 동등이상용역은 10x Genomics Chromium GEM-X kit를 이용하여 수행한 single-cell 분석 용역 실적에 한하여 인정하며, 유사용역은 single-cell 분석 용역 실적에 대해서만 인정함 12) 계약상대자(과업수행자)는 계약 체결 후 발주처의 요청이 있을 경우 계약일 로부터 7일 이내에 과업수행방법 및 과업수행과 관련하여 중요하다고 판단되는 사항에 대한 과업 수행 계획서를 제출하여 감독관의 승인을 받을 수 있음 === 3. 퇴직자 영입현황 확인서.hwp ===