[일반용역](중앙,협상)국가줄기세포은행 자원의 세포 품질 평가 및 특성 규명을 위한 고해상도 전사체 분석

요약 AI 요약

국가줄기세포은행이 보유한 임상등급 줄기세포 자원과 3D 오가노이드의 분화·감염 과정에서 나타나는 유전자 발현 변화를 집단 전체(bulk)와 단일세포 수준에서 연계 분석하여 세포 품질을 평가하고 특성을 규명하고자 한다.

• 줄기세포 및 3D 오가노이드 86개에서 세포 해리·특정 세포 분리(RNA 보존 냉동, single cell RNA Seq용 해리, FACS/MACS 항체 기반 분리 3가지 방법)
• Bulk RNA-sequencing 86건: RNA 추출·QC, 라이브러리 구축, Illumina NovaSeq 6000 이상으로 Raw data 6G 이상·Q30 90% 이상 생산, expression profiling·DEG 분석 및 DEG viewer tool 제공
• Single cell RNA-sequencing 10건: 10x Genomics Flex Apex 기반 단일세포 분리·고정, 시료당 10,000세포·세포당 평균 10,000 read, Q30 80% 이상 데이터 생산
• 10x Genomics Flex Apex에 없는 유전자(GFP, long non-coding RNA, virus, microbe, other mRNA 등) 대상 custom detection probe 설계·제작(타깃당 2~3개 probe set)
• Cell Ranger 기반 분석: Fastq summary(html), cluster 간 유전자 발현 비교 결과(엑셀·cloupe), Loupe Browser 매뉴얼 제공, custom probe 검출 결과와 단일세포 전사체 연계 해석 지원
• 최종 결과보고서 제출: Raw data 포함 모든 분석 결과를 이동식 저장장치에 담아 제출, 분석 후 남은 시료 발주부서 반납

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사업 내용 · 이 공고에 든 일

중심 · 고해상도 전사체 분석 (Bulk·Single cell RNA-seq 데이터 생산 및 분석)

용역 › 시험·분석·측정 › 실험실 분석

줄기세포·오가노이드 시료에서 RNA 추출·QC 후 Bulk RNA-seq 86건과 single cell RNA-seq 10건의 라이브러리 제작·시퀀싱·바이오인포매틱스 분석 결과를 제공하는 실험실 분석(오믹스) 용역이다.

• 발주부서 방문 시료 수거
• 시료에서 RNA 추출 및 QC
• 세포 해리·특정 세포 분리(FACS/MACS)
• 10x Genomics flex apex 기반 단일세포 고정(fixation)
• Custom detection probe 설계·제작
• 라이브러리 구축 및 시퀀싱(NovaSeq 6000 이상)
• Cell Ranger·Loupe 기반 데이터 분석 및 DEG viewer tool 제공
• 결과보고서·Raw data 제출 및 잔여 시료 반납

평가 · 배점

기술 : 가격 — 기술 90점 · 가격 10점

협상 대상 기준 · 제안서평가결과 기술능력평가점수가 기술능력평가분야 배점한도의 85% 이상인 자를 협상적격자로 선정

참가 자격 · 제한

업종제한

유전자검사기관(5331) 그리고 데이터분석제공사업자(6539)

지역제한

제한 없음

공동수급

공동수급불허

입찰참가 제한

없음

실적경쟁 · PQ

해당 없음

국제입찰

국내입찰

제출 방법

전자입찰

입찰 일정

가격

추정가격

104,200,000원

배정예산

115,801,110원

예정가격 방식

비예가

공고 정보

공고종류

등록공고 (일반공고)

게시일

09/22(화)

공고번호

R26BK01728068-000

참조번호

-

공고기관

조달청 충북지방조달청

수요기관

질병관리청 국립보건연구원

계약방법

제한경쟁

낙찰방법

협상에의한계약

계약유형

총액계약

예정가격 방식

비예가

추정가격

104,200,000원

배정예산

115,801,110원

공공조달분류

연구조사서비스 › 학술연구서비스 › 보건복지연구조사서비스

사전규격번호

R26BD00272213

재공고

아니오

출처

나라장터

첨부파일

• HWPX · 2.제안요청서(고해상도 전사체 분석)_구매업무협의안 반영.hwpx · 제안요청서
• HWPX · 공고서(국가,제한,협상,자체)_R26BK01728068.hwpx · 공고규격서
• PDF · 공고서(국가,제한,협상,자체)_R26BK01728068.pdf · 공고규격서

첨부 내용을 정리한 글 — 자격 · 배점 · 일정 · 발췌 ›

문서 발췌

과업·요구

Ⅰ. 사업 개요

1. 용역 사업명 ○ 국가줄기세포은행 자원의 품질평가 및 세포 특성 규명 2. 사업 목적 ○ 국가줄기세포은행에서 보유한 자원의 품질 및 특성 분석 - 임상등급 줄기세포 자원의 분화 과정에서 유전자 발현 변화를 집단 전체 및 단일세포 수준에서 연계 분석하여 세포 특성을 규명하고자 함 - 국가줄기세포은행 자원을 활용한 3D 오가노이드의 감염 모델에서의 유전자 발현 변화를 집단 전체 및 단일세포 수준에서 연계 분석하여 세포 특성을 규명하고자 함 3. 사업 기간: 계약일로부터 ~ 2026.12.15. 까지 4. 사업 예산: 114,620,000원(부가가치세 포함) 5. 사업 수행체계

Ⅱ. 사업 내용

1. 사업 세부내용 가. 줄기세포 및 오가노이드로부터 세포 해리 및 특정 세포 분리 ○ 줄기세포 및 오가노이드 (86개)에서 세포 해리 및 특정 세포 분리 - 발주부서에서 줄기세포 및 3D 오가노이드 모델 제공 - 발주부서와 논의하여 세포 특성 규명 목적에 따라 시료를 ① RNA 보존 시약에 그대로 얼렸을 때 ② single cell RNA Seq과 동일한 방법으로 세포 해리 했을 때 ③ FACs, MACs 등을 이용해서 특정 antibody (bead, 형광 항체를 발주처가 제공 예정)를 이용해 세포 분리를 했을 때의 3가지 방법 나누어 해리가 가능한 실험실 환경 및 경험을 갖추어야 함. 또한 86개 시료에 대한 해리 방법은 발주부서와 논의 후 결정 * 제안서 내 구체적인 세포 해리, 분리 방법, 오가노이드 적용 경험 여부 등을 반드시 명시 - 상기 준비된 시료는 bulk RNA Seq, Single Cell RNA Seq 데이터 생산 및 국가줄기세포은행 QC 결과로 활용됨 ○ single cell RNA Seq 데이터 생산을 위한 줄기세포 및 오가노이드 (10개)는 10x genomics flex apex protocol에 따라 단일세포 분리 및 고정 (fixation)을 수행. - 세포 고정 전 단일세포 수준에서 형광 염색을 통해 해리 및 분리된 세포의 품질을 측정. 농도, 세포수, 생존률, 세포 응집 및 세포외 기질 찌꺼기를 종합적으로 판단해 발주부서에 고품질의 데이터를 만들기 위한 기준 및 사전 테스트 결과를 제공해야 함 - 최적 조건을 확보하기 위한 사전 실험 용도의 줄기세포 및 오가노이드는 발주부서에서 제공할 수 있음 나. Bulk RNA-sequencing ○ 86개 줄기세포 및 오가노이드에서 RNA 추출 및 QC 수행 - QC (quantity ≥ 1 ug, concentration ≥ 65 ng/ul, RIN ≥ 6)에서 부적합한 것이 있을 경우, 발주부서와 협의 후 분석 진행 여부 결정 - 발주부서는 실험군에 따라 여러 차례에 나누어 시료 제공 ○ 전사체 서열 생산 (86건) - TruSeq® Stranded specific mRNA library kit (illumina)을 이용해 라이브러리를 구축하고, Illumina NovaSeq 6000 이상의 플랫폼으로 약 Raw data 6G 이상, 고품질 (Q30) 데이터는 90% 이상을 충족 - 생성된 raw data를 de-multi 하여 processing 후 expression profiling 및 DEG 결과 제공 등 분석 데이터 제공 (DEG 분석 시 적합한 알고리즘 및 비교 평준화 근거를 제시할 것)

* DEG viewer tool 제공 포함 다. Single cell RNA-seqencing ○ Custom detection probe 설계 및 제작 - 발주부서와 논의하여 GFP, long non-coding RNA, virus, microbe, other mRNA 등 10x genomics flex apex 기반 gene expression probe set에 없는 유전자에 대한 특이 custom probe 설계를 진행함 - 각 target 유전자당 2~3개의 probe set을 제작함 * 제안서 내 구체적인 probe 디자인 전략 및 경험에 대한 제안이 필요함 ○ 라이브러리 제작 및 데이터 생산 (10건) - 시료 1건 당 10,000개 세포를 target으로 하고, 세포 당 평균 10,000 read 수준으로 시퀀싱하여 10x genomics사에서 가이드하는 최소 이상의 데이터 생산 - Quality Score 30 기준 최소 80% 이상 충족하며, 각 해독 데이터 생산조건 미달성 시 추가 샘플링 또는 라이브러리 재구축 진행 ○ 생산된 데이터를 바탕으로 데이터 분석 및 발주부서 제공 - 각 샘플의 Fastaq 파일을 10x Genomics에서 지원하는 Cell Ranger 프로그램을 이용하여 html 형식의 summary 파일 제공 * 분석에 진행되는 single cell수, cell 당 read 수, cell 당 detection 되는 유전자 수, sequence quality 등 포함 - Cell Ranger 프로그램을 이용하여 Single cell RNA seq 분석 후 Cluster 간의 유전자 발현을 비교 분석한 결과를 엑셀 및 cloupe* 형식으로 제공 * Loupe Browser 프로그램에 input 가능한 형식의 파일로, 해당 프로그램 사용에 대한 매뉴얼 발주부서에 제공 - Custom detection probe를 이용하여 확보된 검출 결과를 단일세포 전사체 프로파일링 데이터와 연계하여 세포 유형별 전사 반응 특성 분석 및 해석방법 지원 * 기타 관련 사항은 발주부서와 협의 후 결정 라. 결과보고서 등 제출 ○ 최종 결과는 Raw data를 포함한 분석된 모든 결과 자료를 이동식 저장 장치에 담아 제출 ○ 검사 및 결과보고서 자료 제출 ○ 분석에 사용하고 남은 시료는 발주부서로 반납 ※ 과제수행 시 요구사항 ○ 용역수행기관 담당자는 별도의 요청이 없더라도 분석 단계별 진행상황을 발주부서 담당자에게 보고하여야 함

○ 과제 참여 수행기관(연구진)에 대한 발주부서 요구사항으로는 아래와 같음 : 데이터 생산에 대한 툴 직접 개발 등 과업 관련 발생가능한 문제 해결을 위한 자체 전문기술 보유 및 동일(유사) 과업 수행 이력을 보유한 기업 참여 필요 - 다양한 오가노이드로부터 세포 해리, 분리, 품질 평가, 고정 등에 대한 프로토콜 및 사전 경험을 보유하고 있는 곳 - 시료의 상태, 해리 효율, 품질 관리(QC) 미충족, 일정 변경 등 문제 발생 시, 수행기관은 즉시 발주부서와 협의하여 대응 방안을 확정한 후 진행할 것 - 목적한 FLEX probe 디자인 설계를 하고 단일세포 분석 등에 적용 가능할 것 2. 사업 결과활용 ○ 국가줄기세포은행에서 제공하는 임상등급 줄기세포의 품질수준 제고 ○ 국가줄기세포은행이 제공하는 줄기세포 자원의 특성에 대한 기초자료로 활용 ○ 내부 연구과제 수행 계획에 따라 성과 창출을 위해 활용

Ⅲ. 제안서 작성 기준 (권장사항)

1. 제안서 작성 지침

참가자격

Ⅳ. 안내 사항

1. 제안자격 ○ 본 사업의 수행이 가능한 업체로 아래 요건을 갖춘 사업자 - 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제7조(계약의 방법) 및 동법시행령 제43조(협상에 의한 계약체결)에 의거하여 검토하며, 동법시행령 제76조의 규정에 의한 부정당업자로 입찰참가 자격 제한을 받은 자는 제외함 - 입찰참가 대상자는 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서, 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 중소기업(소상공인) 확인서를 소지한 업체일 것. 해당 확인서는 입찰서 제출 마감일까지 유효하여야 함. 또한 「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령」 제2조의3 제1항 제2호 가목에 해당하는 경우, 비영리법인은 중소기업(소상공인) 확인서가 없어도 입찰에 참가할 수 있음 - “국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령” 제12조 및 동법시행규칙 제14조의 규정에 의한 유자격자로서 동법시행령 제76조에 해당하지 않으며 국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정에 의하여 반드시 전자입찰서 제출마감일 전일까지 국가종합조달시스템에 유전자검사기관[업종코드 5331] 및 데이터분석제공사업자[업종코드 6539] 모두로 입찰참가 등록한 자 2. 사업 설명회: 없음(개별 문의, 043-249-2531)

배점·평가