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화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 인공지능을 활용한 구조 특징 예측 모델 최적화(장기계속)

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공고 개요

유찰 · 한국생명공학연구원 · 데이터 구축

결과: 유찰
참가: 0곳 · 개찰 10/12(월)

요약 AI 요약

키나아제 억제제 10종의 화학단백체학 프로파일링 데이터 약 25만 건을 생산·전처리해 공급하고, 이를 학습한 인공지능 구조 특징 예측 모델을 최적화하는 사업이다. 이 모델로 키나아제 억제제의 독성과 약물재창출 타겟을 제안·실증한다.

키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 250,000건 확보 및 제공(DB 또는 CSV 형태 등)
약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략서 수립(수집 범위·대상 정의, 전처리 파이프라인 설계도 포함)
약물-단백질 구조 특징을 예측하는 인공지능 모델 최적화(알고리즘 구현, 성능 평가·최적화)
구조 특징 예측 모델 소스코드·알고리즘 명세서 및 모델 최적화·성능 평가 보고서
최적화된 모델 기반 약물재창출 신규 타겟 4개 이상 제안(타겟 제안 명세서·결과 데이터셋)
키나아제 독성 예측 결과 2건 이상 도출(독성 예측 결과 명세서·데이터셋)

사업 내용 · 이 공고에 든 일

중심 · 화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 구조 특징 예측 모델 최적화

용역 › 정보시스템·SW › 데이터 구축

키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 25만 건을 확보·전처리해 정형 데이터셋으로 공급하고, 이를 학습데이터로 구조 특징 예측 AI 모델을 최적화하는 과업1이 사업의 중심이다.

약물-단백질 데이터 수집 기준 및 전처리 파이프라인 전략서 작성
키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 250,000건 확보 및 DB/CSV 형태 제공
데이터셋 명세서 작성
구조 특징 예측 알고리즘 구현 및 모델 성능 평가·최적화
구조 특징 예측 모델 소스코드 및 알고리즘 명세서, 성능 평가 보고서 제출

중심 · 모델 기반 키나아제 억제제 독성 예측 및 약물재창출 타겟 제안

용역 › 학술·정책연구 › 과학·기술 연구

과업1에서 최적화한 예측 모델을 활용해 신규 약물재창출 타겟 4개 이상과 키나아제 독성 예측 결과 2건 이상을 도출·제안하는 이공계 위탁연구성 과업이다.

최적화 모델 기반 약물재창출·독성 예측 시뮬레이션 수행
오프타겟 부작용 예측 및 결합 친화도 기반 신규 적응증 발굴 분석
약물재창출 타겟 제안 명세서 및 결과 데이터셋 작성
키나아제 독성 예측 결과 명세서 및 데이터셋 작성
시뮬레이션 수행 결과 보고서 제출

평가 · 배점

기술 : 가격 — 기술 80점 · 가격 20점

협상 대상 기준 · 기술능력평가점수가 기술능력평가배점한도의 85% 미만인 자는 협상대상에서 제외합니다.

배점표 (AI 요약)
평가 항목	배점
데이터 전처리·분석 (약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립과 키나아제 억제제 총 10종에 대한 프로파일링 데이터 약 25만 건 확보 계획의 구체성)	20점
모델 최적화 (대규모 데이터 기반 타겟 구조 특징 예측 모델 최적화 역량 및 신규 후보물질에 대한 타겟 구조 특징·독성 예측(2건 이상) 계획의 타당성)	20점
타겟 제안 (약물재창출을 위한 4개 이상의 신규 타겟 발굴 및 2건 이상의 키나아제 독성 예측 결과 제안 내용의 우수성)	30점
사업수행능력 (외부 기관 요구사항 대응 체계 및 추진단계별 일정·업무분장, 인력 투입의 적절성)	5점
경영 상태 (신용평가기관의 신용도)	5점
가격평가	20점
합계(항목을 더한 값)	100점

참가 자격 · 제한

업종제한: 제한 없음
지역제한: 제한 없음
공동수급: 공동수급불허
입찰참가 제한: 없음
실적경쟁 · PQ: 해당 없음
국제입찰: 국내입찰
제출 방법: 전자입찰

입찰 일정

진행	일시	남은 날
공고 게시	09/28(월)	지남
입찰서 제출 시작	09/29(화) 10:00	지남
입찰참가자격 등록 마감	10/11(일) 18:00	지남
입찰서 제출 마감	10/12(월) 10:00	지남
개찰	10/12(월) 11:00	지남

가격

추정가격: 90,909,091원
배정예산: 100,000,000원
예정가격 방식: 비예가

공고 정보

공고종류: 등록공고 (일반공고)
게시일: 09/28(월)
공고번호: R26BK01747242-000
참조번호: 제20260928-용-3호
공고기관: 한국생명공학연구원
수요기관: 한국생명공학연구원
계약방법: 제한경쟁
낙찰방법: 협상에의한계약
계약유형: 총액계약
예정가격 방식: 비예가
추정가격: 90,909,091원
배정예산: 100,000,000원
공공조달분류: 연구조사서비스 › 학술연구서비스 › 과학기술연구조사서비스
사전규격번호: R26BD00275600
재공고: 아니오
출처: 나라장터

문서 발췌

과업·요구

목 차

Ⅰ. 사업 개요 1 가. 용역 개요 1 나. 용역 목적 1 다. 추진배경 및 필요성 2 라. 핵심성과지표 3 Ⅱ. 사업 추진방안 5 가. 추진일정 5 나. 추진방안 5 Ⅲ. 제안요청 내용 7 가. 용어의 정의 7 나. 유의사항 8 다. 상세 요구사항 9 Ⅳ. 용역 선정방법 20 가. 입찰방법 : 제한경쟁입찰(총액), 협상에 의한 계약 20 나. 입찰참가자격 및 기준 ☞ 세부사항은 입찰공고서 참조 20 다. 평가 기준 및 방법 20 라. 낙찰자 선정방법 : 협상에 의한 계약 과정 22 Ⅴ. 제안서 작성방법 24 가. 기술평가 제안서 24 나. 제안서 작성 시 유의사항 (권장사항) 27 다. 계약금 지급방법 27 라. 제안서 제출 28 마. 문의처 28 가. 용역 개요 ❍ 용 역 명 : 화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 인공지능을 활용한 구조 특징 예측 모델 최적화 ❍ 기 간 : 계약일로부터 2027년 12월 31일까지 (장기계속계약*)

구분	과업기간	사업비
1차년도(2026년)	2026. 계약일 ∼ 2026. 12. 31.	50,000,000원
2차년도(2027년)	2027. 1. 1. ∼ 2027. 12. 31.	50,000,000원

* 국가계약법 제21조 및 동법 시행령 제69조, 조달청 계약체결 형태에 따른 사업기간이며, 각 회계연도 예산의 범위에서 낙찰된 금액의 일부에 대하여 연차별로 체결하는 계약임 ❍ 예 산 : 100,000,000원(VAT포함) ❍ 계약방법 : 제한경쟁입찰 (협상에 의한 계약) ❍ 평가기준 : 기술능력평가(80%) + 입찰가격평가(20%) ❍ 과업구분 :

구분	내용	과업기간
과업1	데이터 생산 및 구조 특징 예측 모델 최적화	‘26. 계약일 ~ ‘26. 12. 31
과업2	키나아제 억제제 독성 및 약물재창출	‘27. 1. 1 ~ ‘27. 12. 31

나. 용역 목적 ❍ K-AI 신약개발 전임상·임상 모델개발 사업 내 ‘오가노이드-디지털 트윈 융합 AI 모델 기반 동물대체 유효성/안전성 평가 플랫폼 구축’의 데이터 생산 및 신규 후보물질 타겟 연구를 위한 구조 특징 예측 모델 최적화 과업 수행 - 본 과업에서는 생산된 화학단백체학 데이터 기반 최적화된 구조 특징 예측 모델을 기반으로 키나아제 억제제의 독성·약물재창출 타겟을 제안 및 실증하고자 함 다. 추진배경 및 필요성 ❍ 모델 기반 약물 재창출 필요성 - 현대 신약 개발 시장에서 키나아제(Kinase)는 암, 자가면역질환, 염증성 질환 등 다양한 난치성 질병의 핵심 병리 기전으로 작용하여 가장 주목받는 표적 단백질 중 하나임. 그러나 기존의 단편적인 화합물 스크리닝 방식은 막대한 시간과 비용이 소요될 뿐만 아니라, 복잡한 단백질 상호작용 네트워크를 완전히 규명하는 데 한계가 있음. 따라서 대규모의 화학단백체학(Chemoproteomics) 프로파일링 데이터를 확보하고, 수십만 건(약 75,000건 및 175,000건 규모)에 달하는 대량의 약물-단백질 상호작용 데이터를 체계적으로 축적하는 것은 유효 물질의 반응성을 고차원적으로 이해하고 차세대 표적 치료제 개발의 패러다임을 전환하기 위한 필수적임 - 방대한 양의 바이오 데이터를 수집하는 것을 넘어, 이를 신약 개발 연구에 실질적으로 활용하기 위해서는 표준화된 데이터 전처리 전략 수립과 구조 특징 예측 모델 최적화가 동반되어야 함. 약물과 단백질 간의 복잡한 결합 구조와 물리화학적 특성은 정제되지 않은 데이터 상태로는 정밀한 분석이 불가능하기 때문에, 약물-단백질 데이터의 전처리 및 안정적인 공급 체계를 구축하고 이를 학습할 수 있는 인공지능 기반 구조 특징 예측 모델을 정립해야 함. 이는 방대한 화학·생물학적 공간(Chemical and Biological Space)에서 유망한 화합물의 구조적 특성을 신속하게 파악하여 초기 연구의 시행착오를 획기적으로 줄이는 핵심 동력이 됨 - 신약 개발의 또 다른 주요 걸림돌은 임상 단계에서 발생하는 예측 불가능한 독성과 부작용이며, 이는 천문학적인 연구 비용의 손실로 이어짐. 키나아제 억제제 역시 복잡한 오프타겟(Off-target) 반응으로 인한 독성 문제를 해결해야 하며, 이와 동시에 기존 약물의 새로운 적응증을 발굴하는 약물재창출(Drug Repurposing) 전략을 통해 개발 성공률을 높여야 함 - 컴퓨터 시뮬레이션이나 인공지능 모델을 통한 가상 예측(In silico)은 반드시 실험적 검증을 통한 실증 단계를 거쳐야만 그 과학적 타당성과 신뢰성을 확보할 수 있음. 가상 환경에서 도출된 독성 및 약물재창출 타겟 예측 결과를 바탕으로, 실제 시험관 내(In vitro) 평가를 수행하여 실증 데이터와 매칭하는 작업은 예측 모델의 정확도를 검증하고 고도화하는 데 필수적임

- 대규모 화학단백체학 데이터 공급부터 예측 모델 최적화, 타겟 제안 및 인체 외 실증으로 이어지는 전주기적 플랫폼을 통해, 발굴된 신규 후보물질의 구조적 특징과 독성을 종합적으로 예측하고 검증할 수 있음. 이는 국내 신약 개발 파이프라인의 속도와 성공 확률을 동시에 끌어올려, 글로벌 시장에서 경쟁력을 갖춘 차세대 신규 후보물질을 지속 가능하게 발굴하기 위해 반드시 추진되어야 함

❖ (추진배경) 신약 개발의 효율성 극대화 및 난치성 질환 치료제 시장 선점을 위하여 대규모 화학단백체학 기반의 데이터 선순환 및 예측 모델 최적화 시급 • 체계적인 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리를 통해 양질의 대규모 프로파일링 데이터(총 약 25만 건) 통합 공급 기반 마련 가능 • 키나아제 억제제의 독성 예측과 약물재창출 타겟을 제안 ❖ (사업목표) 생산된 화학단백체학 데이터 기반 구조 특징 예측 모델을 기반으로 키나아제 억제제의 독성·약물재창출 타겟을 제안하고자 함 라. 핵심성과지표 (과업1) 데이터 생산 및 구조특징 예측 모델 최적화 ❍ 화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 구조 특징 예측 모델 최적화 - 키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 250,000건 제공 - 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립 및 공급 - 구조 특징 예측 모델 최적화 (과업2) 모델 기반 독성예측 및 약물재창출 ❍ 키나아제 억제제 독성 예측 및 약물재창출 타겟 제안 - 4개 이상의 타겟 및 키나아제 독성 예측 결과 2건 이상 제안 가. 추진일정 ❍ 총 연구기간 : 계약일로부터 ~‘27년 12월 31일’

구분		2026
		1 분기	2 분기	3 분기	4 분기	1 분기	2 분기	3 분기	4 분기
과업1	데이터 생산 및 구조특징 예측 모델 최적화	■	■	■	■
과업2	키나아제 억제제 독성 예측 및 약물재창출 타겟 제안					■	■	■	■

구분	양식 이름	설명
화학단백체학 프로파일링 데이터 제공	프로파일링 데이터셋 (10종)	키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 - 250,000건 제공
	데이터 전처리 전략서	약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립
	구조 특징 예측 모델	약물-단백질 구조 특징을 분석하기 위한 예측 모델 최적화

구분	양식 이름	설명
키나아제 억제제 독성 예측 및 약물재창출 타겟 제안	타겟 및 독성 예측 제안서	4개 이상의 타겟 및 키나아제 독성 예측 결과 2건 이상 제안

나. 유의사항 ❍ 사업자는 화학단백체학 프로파일링 데이터 제공(용역) 과업을 수행하기 위해 키나아제 억제제 10종의 프로파일링 데이터 약 250,000건을 제공해야 하며, 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략을 수립하여 주관기관과 협의 후 승인받아야 함. ❍ 사업자는 화학단백체학 프로파일링 데이터 제공 및 구조 특징 예측 모델 최적화(용역)에 따라 키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 250,000건 및 전처리된 약물-단백질 데이터를 공급하고, 이를 기반으로 구조 특징 예측 모델을 최적화해야 함 ❍ 본 과업은 사업제안 시 제시한 목표를 기준으로 엄격하게 평가할 예정이므로, 사업자는 키나아제 억제제 독성 및 약물재창출 타겟 제안(용역)을 통해 4개 이상의 타겟과 2건 이상의 키나아제 독성 예측 결과를 명확히 제안해야 함 ❍ 전체 연구기간, 연구예산, 과업 목표(데이터 제공 건수 등) 및 세부 연구내용은 대내외적 요인에 따라 변경될 수 있음. 다. 상세 요구사항 1. 요구사항 총괄표

요청사항 구분			ID부여규칙	요구사항 수
(과업1)	기능 요구사항(FNR)	Functional Requirement	FNR-1-000	2
(과업1)	데이터 요구사항(DAR)	Data Requirement	DAR-1-000	1
(과업2)	기능 요구사항(FNR)	Functional Requirement	FNR-2-000	1
(과업2)	데이터 요구사항(DAR)	Data Requirement	DAR-2-000	2
(공통)	품질 요구사항(QUR)	Quality Requirement	QUR-000	0
	프로젝트 관리 요구사항(PMR)	Project Management Requirement	PMR-000
	프로젝트 지원 요구사항(PSR)	Project Support Requirement	PSR-000
	제약사항(COR)	Constraint Requirement	COR-000
	생산기관 보안성 검증	Production Organization Security Verification	POSV-000
합 계				6

2. 요구사항 내용 (과업1) 화학단백체학 프로파일링 데이터 제공 1-1) 기능 요구사항(FNR)

요구사항 분류	기능 (FNR)
요구사항 고유번호	FNR-1-001
요구사항 명칭	약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립
요구사항 상세설명	□ 데이터 수집 및 전처리 전략 수립 ○ 약물-단백질 데이터 수집 기준 마련 - 프로파일링 데이터 확보를 위한 수집 범위 및 대상 정의 ○ 전처리 파이프라인 전략 수립 - 수집된 데이터의 품질 확보를 위한 전처리 절차 및 방법론 구축
산출정보	□ 전략 관련 산출물 ○ 데이터 수집 및 전처리 전략서 - 세부 기준 및 파이프라인 설계도 포함

요구사항 분류	기능 (FNR)
요구사항 고유번호	FNR-1-002
요구사항 명칭	구조 특징 예측 모델 최적화
요구사항 상세설명	□ 화학단백체학 기반 예측 모델 최적화 ○ 구조 특징 예측 알고리즘 구현 - 수집/전처리된 데이터를 학습하여 약물-타겟 구조 특징을 예측하는 모델 최적화 - 모델 성능 평가 및 최적화 진행
산출정보	□ 모델 관련 산출물 ○ 구조 특징 예측 모델 소스코드 및 알고리즘 명세서 ○ 모델 최적화 및 성능 평가 보고서

1-2) 데이터 요구사항(DAR)

요구사항 분류	데이터 (DAR)
요구사항 고유번호	DAR-1-001
요구사항 명칭	키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 제공
요구사항 상세설명	□ 화학단백체학 프로파일링 데이터 확보 및 제공 ○ 키나아제 억제제 10종 데이터 - 지정된 10종의 키나아제 억제제에 대한 프로파일링 데이터 약 250,000건 확보 - 후속 분석이 가능한 형태로 제공
산출정보	□ 데이터셋 관련 산출물 ○ 10종 프로파일링 데이터셋 명세서 ○ 프로파일링 데이터셋 파일 (DB 또는 CSV 형태 등)

(과업2) 모델 기반 독성예측 및 약물재창출 2-1) 기능 요구사항(FNR)

요구사항 분류	기능 (FNR)
요구사항 고유번호	FNR-2-001
요구사항 명칭	모델 기반 타겟 분석 및 독성 예측
요구사항 상세설명	□ 최적화된 모델 기반 분석 수행 ○ 약물재창출 및 독성 예측 시뮬레이션 - 과업1에서 최적화된 모델을 활용하여 신규 타겟 발굴 및 독성 예측 알고리즘 구동
산출정보	□ 분석 관련 산출물 ○ 시뮬레이션 수행 결과 보고서

2-2) 데이터 요구사항(DAR)

요구사항 분류	데이터 (DAR)
요구사항 고유번호	DAR-2-001
요구사항 명칭	약물재창출 타겟 제안 데이터
요구사항 상세설명	□ 모델 기반 약물재창출 타겟 도출 ○ 신규 타겟 제안 - 분석 모델을 통해 발굴된 4개 이상의 약물재창출 타겟 정보 확보 및 구조화
산출정보	□ 데이터셋 관련 산출물 ○ 약물재창출 타겟 제안 명세서 및 결과 데이터셋

요구사항 분류	데이터 (DAR)
요구사항 고유번호	DAR-2-002
요구사항 명칭	키나아제 독성 예측 결과 데이터
요구사항 상세설명	□ 키나아제 독성 예측치 도출 ○ 독성 예측 결과 산출 - 모델 분석을 통해 도출된 키나아제 독성 예측 결과 2건 이상 확보
산출정보	□ 데이터셋 관련 산출물 ○ 독성 예측 결과 명세서 및 데이터셋

참가자격

가. 입찰방법 : 제한경쟁입찰(총액), 협상에 의한 계약 나. 입찰참가자격 및 기준 ☞ 세부사항은 입찰공고서 참조 □ 아래의 자격을 모두 갖춘 자 이어야 함 ❍ 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률시행령 제12조(경쟁입찰의 참가자격) 및 같은 법 시행규칙 제14조(입찰참가자격요건의 증명)에 의한 입찰 참가자격을 갖춘 업체 ❍ 「중소기업기본법」제2조에 따른 소기업 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 소기업·소상공인 확인서를 소지한 업체 ❍ 국가종합전자조달시스템(나라장터)에 부정당 업체로 등록되어 있지 않은 업체 ❍ 단독계약으로 공동계약(공동수급) 및 하도급 불허 다. 평가 기준 및 방법 □ 화학단백체학 데이터 생산 및 예측 모델 최적화 개요 ❍ 기술능력평가(이하 “기술평가”) 및 가격평가(제안서 평가 시) 구분하여 선정 기준 수립 ❍ 기술평가를 위해 지원한 단일 또는 공동수급체의 제안내용(제안서)에 대한 서면평가 및 발표평가 수행 ❍ 기술평가는 ① 데이터*, ② 기능 및 모델 최적화**, ③ 모델 활용***으로 구분, ④ 기타(사업수행능력, 경영상태 등)로 구분 * 데이터는 키나아제 억제제 프로파일링 데이터(10종 250,000건) 제공 능력, 그리고 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립·공급 체계 등을 확인 ** 기능 및 모델 최적화는 대규모 데이터 기반의 타겟 구조 특징 예측 모델 최적화 역량과, 컨소시엄 내 또는 평가 수요에서 발굴한 신규 후보물질에 대한 타겟 구조 특징 및 독성 예측(2건 이상) 역량 등을 확인 *** 모델 활용은 4개 이상의 약물재창출 타겟 및 2건 이상의 키나아제 독성 예측 결과 제안 능력

배점·평가

제안서 평가	기술평가
제안서 평가	① 기능 및 모델 최적화	② 데이터	③ 모델 활용	④ 기타 (성능 목표)
	- 구조 특징 예측: 약물-단백질 구조 특징 분석용 예측 모델 최적화 - 후보물질 예측: 신규 후보물질 대상 타겟 구조 특징 및 독성 예측 2건 이상	- 데이터셋 확보: 키나아제 억제제 데이터 총 25만 건 생산 및 제공 - 전처리 공급: 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립·공급	- 타겟/독성 제안: 4개 이상 타겟 및 키나아제 독성 예측 결과 2건 이상 제안	- 정량 목표: 프로파일링 데이터 25만 건, 제안 타겟 4개, 독성 예측 2건 달성

	가격평가
	- 조달청 가격평가 기준 준수: 국가 계약 법령 및 협상에 의한 계약 체결 기준에 따른 공정한 평가 진행 - 비용 최적화 평가: 대규모 프로파일링 데이터 생산 및 실증 시험에 소요되는 예산 예측의 적정성 평가

구분	평가 항목	평가 지표	배점	평가결과
구분	평가 항목	평가 지표	배점	A	B	C	D	E
기술 평가 [80]	데이터 전처리·분석	약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립과 키나아제 억제제 총 10종에 대한 프로파일링 데이터 약 25만 건 확보 계획의 구체성	20
	모델 최적화	대규모 데이터 기반 타겟 구조 특징 예측 모델 최적화 역량 및 신규 후보물질(컨소시엄/평가 수요 발굴)에 대한 타겟 구조 특징·독성 예측(2건 이상) 계획의 타당성	20
	타겟 제안	약물재창출을 위한 4개 이상의 신규 타겟 발굴 및 2건 이상의 키나아제 독성 예측 결과 제안 내용의 우수성	30
	사업수행 능력	외부 기관 요구사항(수요 발굴) 대응 체계 및 추진단계별 일정·업무분장, 인력 투입의 적절성	5
	경영 상태	신용평가기관의 신용도 (표 1에 따라 평가)	5	표 1 기준 배점
가격평가[20]			20	(계약예규) 협상에 의한 계약체결기준에 따름(7)
총계			100

과업·요구

(1) 화학단백체학 프로파일링 및 구조 특징 예측 모델 최적화 및 적합성 판단 시 다음 사항을 함께 고려 ① 키나아제 억제제 데이터셋 수집 및 대규모 프로파일링 데이터 생산을 위한 시스템 인프라 사양 확보 필요(과업 수행 기관별 인프라 사양 조사서 제출) ② 컨소시엄 혹은 협력 네트워크 간 유기적 결합으로 처리 가능한 데이터 전처리 효율화 및 모델 학습 스케일링 총량 산출 - 동 사업에 사용 가능한 화학단백체학 데이터 수집 및 전처리 공급 체계(인프라 및 프로파일링 환경 등) 종류·수 제출 필요 - 전처리 공급 효율화 기법(데이터 표준화 및 정제 기법 등)에 근거하여 대규모 약물-단백질 데이터 처리 시 요구되는 표준 규격 산출 - 이질적인 데이터 환경에서 각 화합물의 구조 특징 예측 모델 및 알고리즘의 범용적 적용 가능 여부 명시 - 구조 특징 예측 플랫폼 적용 시 기존 오픈소스 및 벤치마크 예측 알고리즘과의 성능 비교 평가 내역 포함 (2) 생산된 프로파일링 데이터 및 최적화된 구조 특징 예측 모델은 다음의 기준을 만족해야 함 - 데이터 생산 및 전처리 과정 후, 연속적 데이터 축적 환경에서 구조 특징 예측 모델 적용 시 안정적인 품질 및 정확도 유지 ※ 데이터 생산 및 확보 목표: 키나아제 억제제 10종 데이터 총 250,000건 이상의 프로파일링 데이터셋 안정적 제공 필수 * (데이터 수집 및 전처리 과정)

① 약물-단백질 상호작용 지표를 활용하여 정제되지 않은 연속적 수치 데이터를 전처리 전략에 따라 정형화된 표준 라벨 데이터로 변환 ② 데이터 품질 모니터링 도구를 사용하여 대규모 화학단백체학 프로파일링 데이터의 수집 및 전처리 공급 상태 실시간 추적 - 데이터의 편향과 이질성을 정량적으로 측정하여, 데이터 신뢰도에 따른 가중치 차등 부여 및 정제 공급 기법 적용 - 약물-단백질 데이터 불균형 및 편향성으로 인한 모델 성능 저하 방지 및 최종 구조 특징 예측 지표 검증 누락 없음 ※ 최종 성능 목표: 신규 후보물질의 누락을 방지하고 예측 신뢰성을 확보하기 위해 인공지능 기반 구조 특징 예측 정확도 최적화 달성 - 기 제안 방법(기준)과 동등하거나 그 이상의 규격으로 대체 검증방법 제안 가능 - 품질 기준 확인을 위한 모델 평가 파이프라인은 발주기관과 사전 협의된 검증 기준을 준용하며, 자동화된 검증 환경을 활용하여 객관적인 예측 성능 평가 진행 (3) 키나아제 독성 예측 및 약물재창출 타겟 도출 규칙을 신약 개발 실정에 맞도록 수립하고, 추후 협력 네트워크 전체기간 동안 참여 기관에서 준용할 수 있는 표준작업절차서(SOP)를 보완 및 개정하여 활용 - 타겟 및 독성 예측 제안 세부 규격: 예측 모델 및 프로파일링 데이터를 기반으로 4개 이상의 약물재창출 타겟 및 2건 이상의 키나아제 독성 예측 결과를 도출하여 신약 개발 유효 파이프라인으로 제안 (4) 사업수행 시 정보보안 관련 관리 방안 및 대책 마련 여부

나) 입찰가격을 추정가격의 100분의 80 미만인 입찰한 자에 대한 평가 ․ * 최저입찰가격 : 유효한 입찰자중 최저입찰가격으로 하되, 입찰가격이 추정가격의 100분의 70미만일 경우에는 100분의 70으로 계산 <개정 2015.9.21., 2023.6.30.> * 해당입찰가격 : 해당평가대상자의 입찰가격으로 하되, 입찰가격이 추정가격의 100분의 70미만일 경우에는 배점한도의 30%에 해당하는 평점을 부여 <개정 2015.9.21., 2023.6.30.> 【 별첨 1】 화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 인공지능을 활용한 구조 특징 예측 모델 최적화

과 업 지 시 서

1. 과업개요 □ 용 역 명 : 화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 인공지능을 활용한 구조 특징 예측 모델 최적화 □ 계약기간 : 계약일로부터 ~ 2027. 12. 31. □ 용역 수행 방법 ○ 한국생명공학연구원 첨단대체시험팀과 긴밀한 협의를 통해서 용역 수행 ○ 최종 결과 보고서 제출 및 중간 추진상황 보고 - 외부 규제기관·평가기관이 확인할 수 있도록 프로파일링 데이터 및 모델 성능 실증 결과에 대한 객관적이고 충분한 보고서 제공 ○ 제안 요청내역 외에 본 과제 추진에 포함되는 것이 필요하다고 생각되는 추가적인 아이디어 제시 - 기타 제공 가능한 기술적 지원사항을 제시 2. 과업범위 □ (과업1) 데이터 생산 및 구조특징 예측 모델 최적화

구분		세부 내용
목적		- 화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 구조 특징 예측 모델 최적화
주요 산출물		- 키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 250,000건 제공 - 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 수립 및 공급 - 구조 특징 예측 모델 최적화
분류기준에 따른 주요내용	모델 성능범위 설정	- 타겟 구조 특징 예측 모델 최적화 및 성능 지표(정확도 등) 목표 설정 및 Baseline 확보
	데이터	- 키나아제 억제제 10종 프로파일링 데이터 약 250,000건 확보 - 약물-단백질 데이터 수집 및 전처리 전략 기반의 정형화된 데이터 공급
	분석기술	- 방대한 화학단백체학 프로파일링 데이터 기반 타겟 구조 특징 패턴 분석 알고리즘 구현
	관리기술	- 대규모 프로파일링 데이터 큐레이션 및 전처리 파이프라인 체계 수립

□ (과업2) 모델 기반 독성예측 및 약물재창출

구분		세부 내용
목적		- 키나아제 억제제 독성 예측 및 약물재창출 타겟 제안
주요 산출물		- 4개 이상의 신규 약물재창출 타겟 제안서 - 2건 이상의 키나아제 독성 예측 결과 보고서
분류기준에 따른 주요내용	모델	- 가상 환경(In silico)을 활용한 독성 예측 및 표적 단백질 결합 시뮬레이션 적용
	데이터	- 예측 모델을 통해 도출된 유망 타겟 4개 이상 및 독성 예측 결과 2건 이상의 분석 데이터
	분석기술	- 오프타겟(Off-target) 부작용 예측 및 결합 친화도 기반의 새로운 적응증(약물재창출) 발굴 분석
	관리기술	- 예측 결과의 신뢰성 검증 및 유망 타겟 선별을 위한 정량적 프로세스 관리

용 역 명	화학단백체학 프로파일링 데이터 생산 및 인공지능을 활용한 구조 특징 예측 모델 최적화
용역기간	계약일로부터 2027년 12월 31일까지(장기계속) (1차년도 : 계약일로부터 2026년 12월 31일까지) (2차년도 : 2027년 1월 1일부터 2027년 12월 31일까지)
용역내용	제안요청서 참조	입찰방법	제한경쟁(총액), 협상에 의한 계약,
기초금액	금 100,000,000원 (부가세 포함) (1차년도 : 50,000,000원) (2차년도 : 50,000,000원)	입찰방식(가격)	전자입찰
전자입찰서(가격) 접수 개시일시	2026.09.29.(화) 10:00	전자입찰서 (가격)마감일시	2026.10.12.(월) 10:00
개찰일시	제안서 기술평가 후 개찰	개찰장소	국가종합전자조달시스템 (나라장터)

참가자격

※ 입찰금액은 반드시 부가가치세를 포함하여 투찰하여야 하며, 입찰결과 낙찰자가 면세사업자인 경우 낙찰금액에서 부가가치세 상당액을 차감한 금액으로 계약을 체결합니다. 2. 입찰 및 계약방식 가. 제한경쟁, 총액입찰, 장기계속계약, 전자입찰방식 나. 협상에 의한 계약 체결 방식 다. 제안서 제출방식은 온라인 제출입니다. 입찰에 참여하는 자는 나라장터로 제안서를 제출하여야 합니다. 3. 입찰참가자격 (아래의 자격을 모두 갖춘 자) 가. 우리연구원 계약업무요령 제16조 및 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령 제12조 규정에 의한 입찰참가자격을 갖춘 자 나. 국가종합전자조달시스템(나라장터)에 부정당업체로 등록되어 있지 않은 자 다.「중소기업기본법」제2조에 따른 소기업 또는「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」제2조에 따른 소상공인으로서「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 소기업확인서 또는 소상공인확인서를 소지한 자 - 단,「중소기업제품 및 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 시행령」제2조의3(중소기업자와의 우선조달계약에 대한 예외) 제1항 제2호(학술·연구·조사 등 용역)에 따른 비영리법인은 입찰참여 가능 ※ 소기업확인서, 소상공인확인서는 전자입찰서 제출마감일 전일까지 발급된 것으로 유효기간 내 있어야 함 ※ 비영리법인은 주무관청으로부터 받은 설립허가증, 등기부등본 등 비영리법인임을 확인할 수 있는 증빙자료를 제출하여야 함 4. 공동수급 등 : 공동수급 및 하도급 불허