K-BDS 바이오데이터 정합성 검증을 위한 AI 모델 개발 및 적용

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• 붙임_긴급입찰사유서.hwp · 제안요청서
• 제안요청서_구매업무협의반영v7.7.hwpx · 제안요청서
• R26BK01661488_입찰공고서(K-BDS 바이오데이터 정합성 검증을 위한 AI 모델 개발 및 적용).pdf · 공고규격서
• [서식] 입찰업체 서약서 및 공동책임서.hwpx · 공고규격서

공고 개요

한국생명공학연구원 · SW 개발·운영

계약업체

주식회사 인실리코젠

계약금액

485,100,000원

종합 점수

-

참가

4곳 · 개찰 09/08(화)

계약

요약 AI 요약

국가 바이오 데이터 스테이션(K-BDS)의 메타데이터와 실데이터 품질을 자동으로 검증하는 AI 기반 통합 품질관리 체계를 구축하여 데이터의 신뢰성과 활용 가치를 높이기 위함입니다.

• QA 점수 산정 체계 및 AI 기반 품질관리 확장 전략 수립
• LLM 기반 텍스트 전처리, 맞춤법 교정 및 표준 용어 변환 모듈 개발
• 개체명 인식(NER)과 온톨로지 규칙을 결합한 메타데이터 오류 탐지 모델 개발
• 유전체(FASTQ, VCF), 대사체, 바이오이미징 실데이터 검증 파이프라인 구축
• VCF 및 DICOM 파일 내 개인식별 민감정보 탐지 및 처리 기능 개발
• AI QC 결과 조회, 리포트 자동 생성 및 이력 관리 서비스 구축

평가 · 배점

기술 : 가격 — 기술 90점 · 가격 10점

협상 대상 기준 · 제안서 평가결과 기술능력평가 점수가 기술능력평가분야 배점한도의 85% 이상인 자를 협상적격자로 선정함

참가 자격 · 제한

업종제한

소프트웨어사업자(컴퓨터관련서비스사업)(1468)

지역제한

제한 없음

공동수급

공동이행

입찰참가 제한

없음

실적경쟁 · PQ

해당 없음

국제입찰

국내입찰

제출 방법

전자입찰

입찰 일정

가격

추정가격

450,000,000원

배정예산

499,072,000원

예정가격 방식

비예가

공고 정보

공고종류

등록공고 (일반공고)

게시일

08/10(월)

공고번호

R26BK01661488-000

참조번호

-

공고기관

조달청

수요기관

한국생명공학연구원

계약방법

제한경쟁

낙찰방법

협상에의한계약

계약유형

총액계약

예정가격 방식

비예가

추정가격

450,000,000원

배정예산

499,072,000원

공공조달분류

ICT 서비스 › SW 및 시스템 개발 › 정보시스템개발서비스

사전규격번호

R26BD00258163

재공고

아니오

출처

나라장터

문서 발췌

과업·요구

[별지] 제안서 관련 서식 71 l. 사업개요 1. 사 업 명 : K-BDS 바이오데이터 정합성 검증을 위한 AI 모델 개발 및 적용 2. 사업목적 ㅇ 국가생명연구자원정보센터(KOBIC)은「생명연구자원의 확보·관리 및 활용에 관한 법률」 및 「제4차 국가생명연구자원 관리·활용 기본계획」에 따라 국가 바이오 데이터 스테이션(K-BDS)*을 구축·운영하고 있음 * 국가 바이오 데이터 스테이션(Korea BioData Station, K-BDS) : 국가 바이오 R&D를 통해 생산·활용되는 다양한 연구데이터를 수집·연계하여 산학연병에 제공하는 데이터 플랫폼 ㅇ '23년부터 K-BDS 품질관리 시스템(KBQC)을 개발·탑재하여 실데이터의 품질관리 체계를 구축하였으나, 메타데이터는 일부 자유 텍스트 항목을 중심으로 정규화되지 않은 채 사용자 임의 입력에 의존하고 있어 데이터 간 정합성 결여 및 신뢰도 저하 문제가 지속되고 있으며, 기존 검증 체계는 규칙 기반 형식 검증 수준에 머물러 AI 기반 검증 체계로의 전환이 필요한 상황 ㅇ K-BDS 메타데이터 표준화 체계 수립 및 품질 기준 설계를 통해 메타데이터 관리 기반을 정비하고, LLM 기반 텍스트 전처리·맞춤법 교정·표준 용어 변환 모듈을 개발하여 메타데이터 등록 단계에서의 품질을 확보 ㅇ NER·ontology-rule 하이브리드 기반 메타데이터 오류 탐지·검증 모델을 개발하여 BioProject-BioSample-KRA/KEA/KNA/KVar 간 구조·관계 정합성을 자동 검증하고, FASTQ·VCF·대사체 실데이터 AI 검증 파이프라인 및 DICOM 헤더 민감정보 탐지를 포함한 민감정보 탐지·처리 체계를 구축하여 메타데이터와 실데이터를 아우르는 AI 기반 통합 품질관리 체계를 확립 ㅇ AI 기반 품질 검증 결과를 통합 조회하고 QC 리포트 자동 생성 및 이력 관리를 수행하는 AI QC 결과 관리 서비스를 구축하며, QA 점수 기반 자동 통과/큐레이터 검토 분기 체계를 마련하여 검증 이력의 체계적 운영 기반을 확보 ㅇ 이를 통해 K-BDS 메타데이터 및 실데이터 품질관리의 AI 기반 자동화를 실현하고, 국가 바이오 연구데이터의 신뢰성과 실질적 활용 가치를 제고 3. 추진방향 ㅇ K-BDS·KBQC 데이터 품질관리 체계의 구조적 분석과 AI 기반 전환 기반 확보 - K-BDS와 KBQC 간 연계 구조와 데이터 품질관리 흐름을 분석하여 메타데이터 및 실데이터를 아우르는 전 주기적 관리 체계를 설계하고, QA 점수 산정 체계 및 자동 통과/큐레이터 검토 분기 기준을 설계하여 AI 기반 품질관리 확장 전략을 수립하고 단계적 고도화 기반을 마련 - 유전체에서 다중 오믹스로의 단계적 확장 전략 및 MLOps 적용 방안을 설계하여 지속 가능한 품질관리 고도화 기반을 마련

ㅇ AI 모델 학습 데이터셋 구축 및 Golden standard dataset 확보 - 공개 리포지토리(NCBI 등) 및 K-BDS로부터 유전체, 대사체, 바이오이미징 데이터의 메타데이터를 수집하여 NER 라벨링 및 품질 검증을 통해 정제된 학습 데이터셋을 구축하고, K-BDS 실 운영 데이터(반려·수정이력 등) 활용 시 민감정보 사전 제거 후 학습 데이터 포함 - Golden standard dataset을 구성하여 AI 모델 학습 및 성능 평가의 기준 데이터로 활용. 향후 K-BDS 운영 데이터 연계 및 데이터 유형 확대에도 안정적으로 확장 가능한 수집·구축 기반을 마련 ㅇ LLM 기반 텍스트 전처리 및 메타데이터 정규화 체계 도입 - 등록 양식 내 자유 텍스트 필드에 대해 오타 교정 및 개체 후보값을 추출하고, 온톨로지 기반 표준 용어로 정규화 수행하며, 이후 필드 간 논리 일관성 검증을 통해 상호 모순 및 비정상 조합을 탐지하며, 표준 용어 변환 및 검증 결과를 제공함으로써 데이터 등록 단계에서 메타데이터 품질을 선제적으로 확보 ㅇ NER·ontology-rule 하이브리드 메타데이터 검증 모델 개발 및 AI 기반 품질 자동화 체계 확립 - 구축된 학습 데이터셋 및 Golden standard dataset을 기반으로 NER·ontology-rule 기반 메타데이터 오류 탐지 모델과 LLM 기반 품질 진단·수정 권고 모델을 개발하여 K-BDS BioProject-BioSample-KRA/KEA/KNA/KVar 간 구조·관계 정합성을 자동 검증하고, 대규모 메타데이터 검증의 정확성과 효율성을 확보 ㅇ 유전체·대사체·바이오이미징 실데이터 검증 파이프라인 구축 및 민감정보 탐지·처리 체계 확보 - FASTQ·VCF 파일의 헤더 정보와 메타데이터 간 정합성을 자동 추출·비교하여 불일치를 탐지하고, VCF 포맷 및 정규화 검증을 수행하고, VCF 품질 지표를 자동 시각화하여 큐레이터가 파일 상태를 신속하게 파악할 수 있도록 지원 - FASTQ 헤더 내 민감정보(환자 ID, 기관명 등)는 자동 탐지·비식별화하고, VCF 내 개인식별 가능 필드 탐지 시 큐레이터 리포트를 제공 - 대사체 실데이터에서 실데이터 유래 메타데이터를 자동 추출하고 등록 메타데이터와의 정합성을 교차 검증하여 대사체 영역 품질관리 기반을 시범 적용 수준으로 확보 - DICOM 파일 헤더 내 개인식별 가능 표준 태그(환자명·생년월일·기관명 등)를 자동 스캔·탐지하여 큐레이터 리포트를 제공

※ 대사체·바이오이미징 영역은 본 사업에서 시범 적용(PoC) 수준으로 구현하며, 향후 K-BDS 운영 환경 확장에 대비한 확장 가능한 아키텍처 설계에 중점 ㅇ AI QC 결과 관리 서비스 구축 및 KBQC 연계 운영 환경 확보 - AI 모델 처리 결과를 통합 조회하고 QC 리포트 자동 생성 및 이력 관리를 수행하는 AI QC 결과 관리 서비스를 구현하고, 개발된 AI 모듈을 기존 KBQC 시스템에 연계·통합하여 안정적인 운영·모니터링 체계를 확보 4. 사업범위

※ 대사체·바이오이미징 영역은 본 사업에서 시범 적용(PoC) 수준으로 구현하며, 향후 K-BDS 운영 환경 확장에 대비한 확장 가능한 아키텍처 설계에 중점 ㅇ QC 검증 결과의 통합 조회와 AI QC 리포트 자동 생성을 통해 운영자 및 큐레이터의 품질 관리 효율성과 데이터 접근성을 대폭 향상 ㅇ AI QC 검증 이력의 체계적 축적과 모델 재학습 체계 설계를 통해, 향후 운영 데이터 기반의 지속적인 품질관리 고도화 기반을 확보 lI. 추진방안 1. 추진배경 ㅇ「제4차 국가생명연구자원 관리·활용 기본계획(2026~2030)」[전략 2-3]은 AI 기반 데이터 오류 반복 검증·메타데이터 보완 자동 입력 등 바이오데이터 품질관리의 AI 기반 효율화를 핵심 과제로 제시하고 있음 ㅇ 이에 따라 K-BDS를 운영하는 KOBIC은 단순 데이터 저장·제공을 넘어 연구 현장에서 즉시 활용이 가능한 고품질 연구데이터 선순환 체계의 AI 기반 구현이 필요 ㅇ 기존 KBQC를 통해 실데이터(Raw Data)의 품질은 확보되고 있으나, 메타데이터는 표준 용어 체계 부재로 동일 개념이 다양한 표현(약어, 오타, 비표준 용어)으로 입력되고 있으며, BioProject-BioSample-BioData 간 구조·관계 정합성을 체계적으로 검증할 수 있는 기반 미비 ㅇ 바이오데이터 실 데이터 파일(FASTQ, VCF, 대사체, DICOM 등 바이오이미징 등) 헤더·내부 정보와 등록된 메타데이터 간 의미적 불일치를 자동 검증할 지능형 도구가 부재하여 수작업 확인에 의존하고 있는 상황 ㅇ 등록 데이터의 증가에 따라 큐레이터의 수동 점검 검토 방식으로는 적시 처리에 한계가 있으며, 품질 수준에 따른 자동 통과/검토 분기 등 검증 효율화 체계의 도입 필요 ㅇ 인체유래 유전체 데이터(VCF 등)의 등록 확대에 따라 파일 내 민감정보(환자 ID, 기관명 등)의 자동 탐지·처리 체계 미비로 개인정보 보호 리스크 존재 ㅇ 바이오이미징 데이터(DICOM 등) 경우 파일 헤더 내 환자명·생년월일·기관명 등 개인식별 정보가 표준 태그로 포함될 수 있으나 현재 자동 탐지 체계가 미비하여 데이터 공개 시 개인정보 노출 리스크가 존재 ㅇ 해외 주요 리포지토리(NCBI, EBI 등)를 중심으로 AI 기반 메타데이터 품질관리 기술의 도입이 확산되는 국제 동향에 발맞춰, K-BDS에서도 AI 기반 품질 검증 결과를 통합 조회·관리할 수 있는 서비스 환경과 이를 KBQC 시스템에 연계하여 안정적으로 운영할 체계의 확보 필요 2. 추진체계

❏ 요구사항 목록표

배점·평가

가. 평가기준 ㅇ 본 용역의 평가는 기술평가와 가격평가로 구분하여 실시하되 용역의 특성상 기술의 비중이 크므로 기술평가의 비중을 100분의 90으로 하고 가격평가의 비중을 100분의 10으로 함 ㅇ 제안규격 및 요구에 적합하지 않은 내용은 평가대상에서 제외 나. 평가방법 ㅇ 종합평가점수는 기술평가점수와 가격평가점수를 합산하여 산출 ㅇ 기술평가는 기술평가위원의 제안서 온라인 또는 대면평가로 하며, 평가결과를 취합한 후 산술 평균하여 산정한다. ㅇ 제안서 평가결과 기술능력평가 점수가 기술능력평가분야 배점한도의 85% 이상인 자를 협상적격자로 선정함 ㅇ 입찰가격 평점산식 : 계약예규 협상에 의한 계약 체결 기준을 적용 ㅇ 본 사업은 ｢협상에 의한 계약체결 기준｣ 제7조 제6항에 따른 차등점수제를 미적용한 사업 임 다. 평가주체 : 한국생명공학연구원

<기술제안서 기술평가 평가항목 및 배점한도>

표1. 경영상태 평가기준(제9조제3항제1호 관련)

과업·요구

참가자격

3. 입찰참가자격

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 아래의 입찰참가자격을 모두 갖춘 자이어야 합니다. ○ 국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정에 따라 반드시 전자입찰서 제출 마감일 전일까지 나라장터(G2B시스템)에 아래의 사항을 모두 입찰참가자격으로 등록한 자 - [소프트웨어사업자(컴퓨터관련서비스사업)(1468)] 업종을 등록한 업체 ○ 「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제9조 및 같은 법 시행령 제10조의 규정에 따라 직접생산확인증명서 [정보시스템개발서비스(세부품명번호 10자리 : 8111159901)를 소지한 자 ○ 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자 또는 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인으로서 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 중소기업ㆍ소상공인 확인서를 소지한 자

3-2. 입찰참가자격 등록

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ○ (등록장소) 조달청 조달등록팀 또는 각 지방조달청 경영지원과(팀) ○ (입찰참가자격 등록) 조달청 경쟁입찰참가자격 등록은 수시로 가능하며, 입찰참가를 위해서는 전자입찰서 제출마감일 전일 18:00까지 등록을 하여야 합니다. 등록절차와 나라장터 이용안내는 정부조달콜센터(☎ 1588-0800, FAX: 042-472-2297)로 문의하시기 바랍니다. ○ (입찰보증금 납부) 입찰참가자는 반드시 이 건 입찰공고의 입찰보증금 내용을 숙지하시기 바랍니다. 공동수급체의 경우 대표사는 반드시 구성원사의 입찰보증금 납부대상 여부를 확인하여 관련 조항에 따른 입찰보증금을 납부하여야 합니다. ○ (신원확인 입찰) 이 입찰은 국가종합전자조달시스템 전자입찰 특별유의서 제7조에 따른 신원확인 입찰이 적용되며, 국가 종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정 제2조제1항제16호에 따른 개인인증수단을 이용(공동인증서 제외)하여 신원을 확인받은 후 입찰에 참여하여야 합니다

4. 공지사항

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ○ 제안서 평가기관: 한국생명공학연구원 ○ 제안서 평가는 수요기관에서 직접 평가위원을 구성하여 평가하며, 평가일시 및 장소는 수요기관에서 별도 공지할 예정 입니다. 다만, 별도 공지 없이 서면 평가할 수도 있으니 평가관련 사항은 반드시 수요기관에 문의하시기 바랍니다. * 제안서(발표자료, 증빙서류 등 포함)에 입찰 대상 사업, 경쟁업체 등 입찰관련 사항에 대한 허위정보를 기재한 경우 관련 규정에 따라 협상적격자에서 제외, 계약해제·해지 또는 부정당업자 입찰참가자격제한 등의 불이익을 받을 수 있으며 기재한 내용에 대한 사실 확인에 대한 의무 및 입증 책임은 입찰자 본인에게 있습니다. * 기타 세부사항은 수요기관 규격서(제안요청서 등)에 의합니다. * 당해 계약에 따른 계약목적물의 지식재산권은 규격서(제안요청서 등)에 따릅니다. ○ 소프트웨어사업 작업장소 관련 안내(소프트웨어 유지ㆍ관리 사업 제외) - 계약당사자는 관련 규정에 따라 소프트웨어사업 수행을 위하여 필요한 작업장소 등을 상호 협의하여 정하며, 핵심 개발 인력이 아닌 지원인력의 근무 장소는 보안 등 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 계약상대자가 달리 정할 수 있습니다. - 작업장소 협의 시 수요기관이 제시한 보안요구사항 등 작업장소에 대한 요건을 준수하여 계약상대자가 직업장소를 제시 하는 경우 수요기관은 이를 우선 검토하여야 합니다.